Harmony联盟COVID疫苗免疫应答跨研究组组织与基础设施数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17026/LS/8HWQUW

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集是由Harmony联盟产生的协调数据集。该联盟研究了COVID-19疫苗接种对健康志愿者和免疫缺陷患者的影响。联盟由以下研究组组成：RECOVAC IR/RV (UMCG) COVALENT (UMCG) VOICE (UMCG) VACOPID (Erasmus MC) SWITCH和SWITCH ON (Erasmus MC) HCW (Erasmus MC) PRIDE (UMCU) COVIH (OLVG) TARGET2B (AUMC) COBRA-KAI (AUMC) VITAL (RIVM) VOCAAL (RIVM) IIVAC (RIVM) 数据包含不同患者抗体反应的假名化数据。这些数据以抗S1、抗N和抗RBD滴度形式测量。此外，还有关于既往感染和疫苗接种状态的数据。少量数据涉及小部分患者的T细胞反应。本记录除数据外还包含文档。以下为数据管理计划、数据集编码手册，以及各研究时间点重新编码的方式。此外，还提供了用于协调数据的模板。

获取数据的方式是填写文件中的申请表，并发送至 harmony@rivm.nl。随后，指导委员会将对申请进行处理，您将收到相关反馈。如果申请获得批准，将被要求建立一个数字研究环境（Digital Research Environment），数据可交付至该环境。这也可以在RIVM进行。使用DRE可能产生的费用由申请方承担。由于该项目将持续到2025年3月底，因此数据最早只能从那时起申请。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。