医疗相关感染微生物组项目
包含多种测序数据(全基因组、宏基因组、16S),研究医疗相关感染发病机制。

基本信息
资源简介
医疗相关感染微生物组项目
【一句话概览】
Healthcare-Associated Infection Microbiome Project(PRJNA974066)收录与医疗相关感染发病机制有关的多种测序数据,包括细菌全基因组、宏基因组和16S扩增子;源站标签还标注University of Washington(来源 NCBI)。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Healthcare-Associated Infection Microbiome Project》。源站首次发布:2023-12-09。
【数据内容】
源站原始描述:Contains a range of sequencing data types (bacterial whole-genome, metagenomic, 16S amplicon) related to the pathogenesis of healthcare-associated infection
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):包含一系列与医疗保健相关感染发病机制相关的测序数据类型(细菌全基因组、宏基因组、16S扩增子)
【主题与分类】
主题标签:PRJNA974066、University of Washington。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP440727
下载信息
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源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP440727
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- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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