大肠杆菌O104:H4差异RNA测序(dRNA-seq)数据集
该数据集为大肠杆菌O104:H4临床分离株LB226692的pAA质粒5'端转录组高通量图谱，采用基于终止子外切酶(TEX)的差异RNA测序(dRNA-seq)方法，可区分初级转录本与加工转录本
基本信息
资源简介
大肠杆菌O104:H4差异RNA测序(dRNA-seq)数据集
Differential RNA-Seq (dRNA-seq) of Escherichia coli O104:H4
该数据集为大肠杆菌O104:H4临床分离株LB226692的pAA质粒5'端转录组高通量图谱，采用基于终止子外切酶(TEX)的差异RNA测序(dRNA-seq)方法，可区分初级转录本与加工转录本。数据覆盖质粒范围的转录起始位点(TSS)和加工位点，并聚焦pAA毒力基因表达分析，适用于细菌TSS定位、非编码RNA检测及质粒转录组研究（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Feb 17 201。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们对临床大肠杆菌O104:H4（E. coli O104:H4）分离株LB226692的pAA质粒5'端转录组进行了高通量图谱绘制。我们采用差异RNA测序（dRNA-seq），这是一种基于终止子外切酶（TEX）的RNA-seq方法，能够区分初级转录本和加工转录本。该方法已被证明是绘制细菌转录起始位点（TSS）和检测非编码RNA（ncRNA）的有力工具。我们在质粒范围内编目了pAA相关的TSS和加工位点，并对初级转录组进行了详细分析，重点关注pAA毒力基因表达。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL21475、1038927。本站分类：感染性疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE78041
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 15 201，引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们对临床分离的大肠杆菌O104:H4（E. coli O104:H4）菌株LB226692中pAA质粒的5’端转录组进行了高通量作图。我们采用了差异RNA测序（dRNA-seq），这是一种基于终止子外切核酸酶（TEX）的RNA-seq方法，能够区分初级转录本和加工转录本。该方法已被证明是绘制细菌转录起始位点（TSS）和检测非编码RNA（ncRNA）的有力工具。我们在质粒范围内编目了pAA相关的TSS和加工位点，并对初级转录组进行了详细分析，重点关注pAA毒力基因的表达。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
