兔皮肤感染模型中金黄色葡萄球菌与宿主界面的基因表达全局变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE61669

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

金黄色葡萄球菌是全球范围内人类皮肤和软组织感染（SSTIs）的重要病因。值得注意的是，所有SSTIs中有80%由金黄色葡萄球菌引起，其中约63%为脓肿和/或蜂窝织炎。尽管已取得进展，但我们对参与SSTIs发病机制的宿主和病原体因素的认识仍不完整。为更全面地了解这一过程，我们在兔皮肤感染模型中监测了脓肿形成和消退过程中金黄色葡萄球菌转录组的变化以及所选宿主促炎分子的变化。在最初24小时内，金黄色葡萄球菌中参与DNA修复、代谢物转运和代谢的转录本上调，提示编码参与复制和细胞分裂的分子机制增加。编码毒力因子的基因表达也增加，即分泌毒素以及纤连蛋白和/或纤维蛋白原结合蛋白。在所检测的宿主基因中，我们发现编码宿主IL-8、IL1β、制瘤素M样蛋白、CCR1、CXCR1（IL8RA）、CCL4（MIP-1β）和CCL3（MIP1α）样蛋白的转录本在金黄色葡萄球菌脓肿形成过程中属于上调程度最高的转录本之列。

我们的发现为金黄色葡萄球菌皮肤软组织感染（SSTIs）的发病机制提供了更多见解，其中包括宿主反应的时间性因素。这些结果为未来研究提供了起点，旨在更深入地理解轻中度SSTIs如何及为何进展为侵袭性疾病。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。