未控制HIV感染中PRDM1+淋巴结Tfh细胞选择性感染与丢失阻碍ART下Tfh储存库形成

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE313072

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV-1储存库的多面性和长期存活性已被证明是开发HIV-1治愈性疗法的巨大障碍。HIV-1储存库的主要维度之一是其组织环境中的普遍性和持续性，包括在淋巴结（LN）中。在淋巴结内，滤泡辅助性T细胞（Tfh）被广泛认为是病毒血症期HIV感染者（PWH）中的主要亚储存库。然而，在接受抑制性抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV感染者中，Tfh细胞是否存活并建立储存库仍存在争议。为解决这些问题，我们对来自病毒血症期和ART抑制期HIV感染者的淋巴结进行了单细胞多组学分析，对超过500,000个细胞进行了深度表型分析，并鉴定了超过2,000个HIV-1感染细胞。虽然我们检测到了HIV-1感染的Tfh细胞，但在病毒血症期和ART期间，大多数感染细胞具有非滤泡表型，而是异质性分布于各种CD4+ T细胞亚群之间。亚群内HIV+与HIV-细胞的比较显示，病毒血症期激活特征增强且细胞周期状态改变，但在ART期间特征基本相似。

此外，在PWH中比较病毒血症与ART时，突显出一个非经典Tfh亚群——其特征为高基因座可及性和PRDM1转录——该亚群在病毒血症期间选择性耗竭，ART后恢复，并在体外高度易感感染。我们的工作为HIV-1治愈领域提示了一个修正方向，即任何综合策略的必要任务都将是应对非滤泡细胞对HIV储存库的高比例负担。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。