HSV-1 ICP4在未感染细胞中诱导表达的转录效应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE311056

标准获取流程：

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数据说明

成功的病毒感染反映了病毒基因表达严格调控程序与操纵宿主细胞以利于产生新感染性颗粒之间的平衡结果。单纯疱疹病毒1型（HSV-1）的生产性复制周期依赖于即早期必需转录因子ICP4，该因子在时间级联的不同步骤中正向或负向调控即早期、早期和晚期HSV-1基因的转录，主要通过序列特异性结合顺式作用调控元件实现。相比之下，ICP4对宿主转录程序的直接调控了解较少。在本研究中，我们在未感染的原代人成纤维细胞中外源性表达了多西环素诱导的野生型和突变型ICP4蛋白，并进行了RNA-Seq以鉴定ICP4驱动的宿主转录组变化。将我们的发现与已发表的HSV-1感染细胞中ICP4依赖性宿主转录组变化数据集进行交叉引用，为一部分ICP4调控的差异表达基因提供了验证。

此外，ICP4中破坏与宿主转录机制相互作用或干扰位点特异性DNA结合的突变，进一步改变了ICP4驱动的宿主转录程序重塑。综上所述，这些数据提供了对未感染细胞中ICP4驱动的宿主基因表达失调的全面转录组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。