粪肠球菌RpoB RRDR突变等位基因特异性效应数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302807

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

粪肠球菌是人类肠道微生物群的成员，已进化为一种棘手的医院获得性病原体，并且是住院患者血流感染的主要原因之一。粪肠球菌感染的治疗因抗生素耐药性而变得复杂，因此了解耐药机制及其在该病原体中的更广泛后果十分重要。在此，我们探索了粪肠球菌RNA聚合酶β亚基（RpoB）中利福平耐药相关突变的附带效应。在14,384个公开可获得的粪肠球菌基因组中，近三分之一在RpoB的利福平耐药决定区（RRDR）携带突变。在从单一医疗中心患者中收集的710株粪肠球菌分离株的局部种群中，我们发现RRDR突变的存在与既往暴露于利福霉素类抗生素之间存在显著关联，并且RRDR突变与达托霉素敏感性改变之间也存在关联。为了研究RRDR突变的表型影响，我们研究了四株具有不同RRDR突变（Q473K、G482D、H486Y、S491L）的同基因株，这些突变与临床分离株变异体相重叠。

转录组和表型分析揭示了等位基因特异性对屎肠球菌基因表达、生长动态、抗生素敏感性、异丙醇耐受性和细胞壁生理学的影响。一个经常观察到的突变H486Y引起了极小的转录变化并增强了细菌适应性。相比之下，S491L突变诱导了广泛的转录变化并减缓了细菌生长，但也赋予了增加的异丙醇耐受性，可能增强了细菌在医院环境中的存活能力。总体而言，我们的发现强调了RRDR突变在塑造屎肠球菌生理学和抗生素耐药性方面的多方面影响，这是这种医院相关病原体的两个重要特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。