RNA结合蛋白PTBP1通过调控HS 3-O-磺基转移酶基因剪接介导HSV-1感染

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297152

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数据说明

多聚嘧啶序列结合蛋白1（PTBP1）是一种RNA结合蛋白（RBP），通过调控RNA折叠在调节可变剪接事件中发挥关键作用。本文报道了PTBP1在硫酸乙酰肝素（HS）生物合成中的新功能。具体而言，我们发现PTBP1的基因敲除导致HS3ST3A1和HS3ST3B1（分别也称为3OST3A1和3OST3B1）表达缺失。HS3ST3A1和HS3ST3B1基因编码参与蛋白聚糖硫酸乙酰肝素修饰（HSPGs）的硫酸乙酰肝素-葡糖胺3-O-磺基转移酶，这两个基因的独特之处在于每个前体mRNA均由2个外显子组成，中间隔以一个异常长的内含子。全局iCLIP-seq和CRIC-seq分析显示，HS3ST3A1/HS3ST3B1前体mRNA的内含子区域与PTBP1二聚体相互作用，形成接触以影响剪接事件。异位表达野生型PTBP1可恢复功能性3OST3表达，而二聚化缺陷型突变体（C23S）则不能。细胞表面HSPGs是最丰富的蛋白聚糖，可作为共受体调节细胞因子活性，同时也是病毒附着和进入细胞的靶点。

我们发现3OST3表达的缺失显著降低了HSV-1感染和病毒传播。本研究表明，PTBP1介导3OST3表达以促进HS生物合成，并在HSV-1感染中发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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