SARS-CoV-2 Nsp2在病毒复制位点附近招募GIGYF2并支持病毒蛋白生产[nsp2_del_rna_seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE269564

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV-2基因组编码16种非结构蛋白（Nsps），其中Nsp2是保守性最低、了解最少的。在本研究中，我们发现Nsp2在SARS-CoV-2生命周期中的关键作用，并证明其与GIGYF2相互作用，导致GIGYF2 relocated至双膜囊泡（DMVs）附近并增强病毒蛋白的产生。从病毒基因组中删除Nsp2编码区导致感染早期（感染后3-4小时）病毒RNA合成急剧减少。通过病毒感染细胞中Nsp2的相互作用组分析，我们确定了参与翻译调控的蛋白GIGYF2是Nsp2的关键伙伴。我们确认了来自SARS-CoV-1和SARS-CoV-2的GIGYF2与Nsp2之间的相互作用。耗尽GIGYF2或其辅因子ZNF598再现了Nsp2缺失观察到的复制缺陷，表明它们在病毒复制中的关键作用。此外，感染后GIGYF2和ZNF598重新定位到DMVs附近区域，即病毒复制位点。这种重新定位在Nsp2缺失病毒中未发生，表明Nsp2在引导GIGYF2至DMVs中的作用。

通过甲醛交联与免疫沉淀测序实验（fCLIP-seq），我们发现GIGYF2与病毒RNA相互作用，尤其是在编码Nsp3、M和Orf6的区域。GIGYF2的缺失导致这些蛋白质表达减少。我们的发现揭示了Nsp2通过利用GIGYF2作为宿主因子来支持病毒蛋白产生的功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。