GSE266523：定义多能祖细胞层级（HIVE）的统一工作流

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE266523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

具有协调发育转录程序的多能造血祖细胞，其定义在于能够产生不同的细胞谱系。尽管单细胞技术有助于多谱系祖细胞的鉴定，但严格界定和分离这些细胞仍需新技术。我们描述了一种新方法，利用整合多模态单细胞基因组学和关联的高维流式细胞术，来剖析和对比明确界定及新提出的免疫表型定义的造血祖细胞。通过顺序分离、谱系追踪、遗传报告基因、体外分化和基因调控预测分析，可以解析相关多谱系祖细胞的谱系潜能。这些分析揭示了协同作用的转录因子作用于复合元件，以形成不同的多谱系细胞状态。新发现的中性粒细胞-单核细胞双潜能前体（MultiLin-1）经证实，在感染后受Th2细胞因子转录重编程，从而依次产生中性粒细胞、嗜碱性粒细胞和嗜酸性粒细胞的连续波次。

这项工作支持造血过程的阶梯式模型，即谱系转变以离散、可分离的细胞状态发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。