RORC报告基因与内源RORC位点的DMS-MaPseq（报告细胞系）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE266054

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结构开关是细菌基因表达的关键调控因子，然而其在后生动物中的表征仍然有限。在此，我们提出SwitchSeeker，一种用于系统性鉴定功能性RNA结构开关的综合计算与实验方法。我们将SwitchSeeker应用于人类转录组，鉴定出245个推定的RNA开关。为验证我们的方法，我们对RORC转录本3‘UTR中一个此前未知的RNA开关进行了表征。体内DMS-MaPseq结合冷冻电子显微镜证实了其以两种替代性结构构象存在。此外，我们利用基因组规模CRISPR筛选鉴定了通过该RNA结构开关调控基因表达的反式因子。我们发现无义介导的mRNA衰变以构象特异性方式作用于该元件。SwitchSeeker提供了一种无偏、实验驱动的方法，用于发现塑造真核基因表达格局的RNA结构开关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。