基于工程化RNase H3 N端杂交结合域的R-loop全基因组体内外定位数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE235496

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

R-loop是由RNA/DNA杂交体和被置换的单链DNA组成的核酸结构，在转录过程中形成。R-loop加工缺陷会威胁基因组稳定性，最终导致严重的人类疾病。目前对R-loop加工和调控机制的认识尚不完整。能够在全基因组范围内准确定位R-loop生物学特征的新工具对于理解R-loop生物学至关重要。在此，我们提出了一种捕获并测序RNA/DNA杂交体的新方法，可用于绘制R-loop位置图谱，为当前使用的方法（如S9.6抗体免疫沉淀）提供了重要的替代方案。我们的方法依赖于来自细菌RNase H3的工程化N端杂交结合结构域（enDR3）。我们开发了该结构域的串联形式，并引入了特定的氨基酸替换，从而增强了对RNA/DNA杂交体的亲和力和特异性。此外，我们成功地将该蛋白用于基于DRIPc-seq或ChIP-seq技术的全基因组R-loop图谱分析，证实了enDR3在体外和体内方法中均适用于R-loop检测。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。