人IRF1调控吞噬细胞IFN-γ抗分枝杆菌免疫而非细胞内在IFN-a/b抗病毒免疫[scRNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE216486

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类IFN-γ免疫的先天性缺陷是分枝杆菌病的基础，而IFN-α/β免疫的先天性缺陷则是病毒性疾病的基础。这两种类型的IFN均能诱导转录因子IRF1。我们描述了两名无亲缘关系的儿童，他们患有遗传性完全IRF1缺陷，并早发、多重、危及生命的疾病，由弱毒力分枝杆菌引起。尽管暴露于多种病毒，包括对IFN-α/β缺陷个体而言危及生命的SARS-CoV-2，他们并无严重病毒性疾病史。在体外，对IFN-γ的IRF1依赖性反应在数量和质量上均远大于对IFN-α/β的反应。两名患者的单核细胞衍生巨噬细胞和iPSC衍生巨噬细胞中，通常由IFN-γ诱导的靶基因至少有40%未上调。相反，对包括HIV和SARS-CoV-2在内的多种病毒的细胞内在IFN-α/β免疫得以维持。因此，人类IRF1在多种细胞类型中对IFN-α/β介导的抗病毒免疫在很大程度上是冗余的。相比之下，人类IRF1对于单核髓系细胞中针对分枝杆菌的IFN-γ免疫至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。