疟疾感染中寄生虫红内期周期与人类昼夜节律周期的耦合

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE209877

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在感染间日疟原虫（P. vivax）期间，患者每48小时出现一次节律性发热。这些发热周期与疟原虫完成红内期周期（Intraerythrocytic Cycle, IEC）所需的时间相对应，并可能受疟原虫内在生物钟的调控。不同种类的疟原虫其周期时间为24小时的倍数，提示它们可能与宿主的昼夜节律钟相协调。我们利用间日疟原虫感染患者全血的离体培养，研究了宿主昼夜节律转录组和疟原虫IEC转录组的动态变化。转录组动态显示，在多名患者中宿主昼夜节律周期与疟原虫IEC的相位具有相关性，提示这两个周期存在耦联。在小鼠模型系统中，宿主-寄生虫周期耦联似乎为寄生虫提供了选择优势。因此，了解人类中宿主与寄生虫周期如何耦联，可能有助于开发破坏这种耦联的抗疟疗法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。