前瞻性研究中发展为乳糜泻儿童的外周血B细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE185503

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：在乳糜泻（CoD）中，B细胞的作用主要被认为是产生抗体。B细胞的功能作用尚未在CoD中得到广泛分析。方法：我们开展了一项研究，利用在疾病诊断前和诊断时采集的样本，表征生命早期发展为CoD的儿童B细胞中的基因表达。在12、18、24和36月龄时从高危儿童中采集血样。对外周血CD19+细胞的RNA进行测序，并使用R包Limma分析差异基因表达。结果：总体而言，我们发现一个基因HNRNPL在所有患者中轻度下调（logFC -0·7；q=0·09），另有若干基因在2岁前已诊断为CoD的患者中下调。解释：这些数据凸显了B细胞在CoD发展中的作用。HNRPL抑制肠道病毒复制的作用提示，CoD和肠道病毒感染的易感因素均为HNRNPL表达水平低。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。