GSE179407：表皮葡萄球菌临床与共生分离株与人血互作后的转录组特征

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179407

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数据说明

表皮葡萄球菌生物膜在医疗器械上形成后释放细胞，与血流感染的发生相关，导致发病率和死亡率升高。这部分归因于准确诊断表皮葡萄球菌血流感染的困难。表皮葡萄球菌是人类皮肤和黏膜上普遍存在的共生菌，因此血培养阳性并不总是代表感染，可能是采血过程中污染的结果。因此，迫切需要寻找能帮助临床医生区分感染（临床分离株）与污染（共生菌株）的标志物。基于此，多年来已开展了多项比较临床分离株与共生分离株表型或遗传特征的研究。然而，由于表皮葡萄球菌的毒力因子似乎与其赋予共生适应性的因子相同，我们假设表皮葡萄球菌菌株适应宿主环境的能力可能不取决于特定的表型和/或遗传组成，而取决于基因转录的调控。

因此，我们利用RNA测序（RNA-seq）技术，在感染背景下对共生菌株和临床分离株的转录组进行了表征，试图揭示它们之间的差异，从而识别可用于诊断的标志物。我们突出显示了几个有可能区分两组的标志物。然而，当在更广泛的临床和共生分离株集合中验证所获得的结果时，最初识别的基因的区分能力丧失了。尽管我们不能排除对更大规模分离株集合的表征会识别出潜在候选者，但我们的转录组数据未能证实我们最初的假设，这证明了表皮葡萄球菌（S. epidermidis）的机会性本质。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。