野生型秀丽隐杆线虫暴露于Haptoglossa zoospora 6或12小时的RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE175950

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在探究秀丽隐杆线虫对Haptoglossa游动孢子感染的响应。为此，我们利用Illumina HiSeq 2500平台，对发育至L4期的感染线虫（分别于病原体暴露后6小时和12小时）及相同时间点的未感染线虫进行了RNA测序。经伦敦帝国理工学院测序中心（Hammersmith校区）生成并通过质量控制的序列读段，使用伪比对工具Kallisto比对至最新的秀丽隐杆线虫（WBcel235）转录组。所生成的丰度文件通过Sleuth的R分析流程进行处理。从数据集中筛选出p值<0.01且FDR值<0.1的差异表达基因，并将其与其他秀丽隐杆线虫病原体（包括卵菌Myzocytiopsis humicola）感染中诱导的基因进行比较。该比较结果揭示了秀丽隐杆线虫识别卵菌所依赖的保守特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。