恶性疟原虫性分化环状体期全基因组转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE152536

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疟疾通过传播称为配子体的性阶段寄生虫而扩散。然而，对于恶性疟原虫而言，配子体只有在成熟且能够传播给蚊子时才能在外周血中被检测到，这增加了控制工作的复杂性。在此，我们鉴定了一组在配子体定向环状体寄生虫水平较高的患者血液样本中过表达的基因。所有18个基因的表达均受转录因子AP2-G调控，而AP2-G是配子体生殖所必需的。我们选择了三个在成熟配子体中不表达的基因，将其开发为生物标志物。所有三个生物标志物均在体外使用6种不同的寄生虫系进行了验证，并开发了一种算法，可预测离体样本和志愿者感染研究中的配子体产生情况。这些生物标志物还具有足够的灵敏度，可用于监测无症状恶性疟原虫携带者的配子体产生情况，从而实现感染性储存库的早期检测和治疗，以及对调节性转换因素的体内分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。