新型隐球菌自然分离株在生物相关应激下基因表达变异图谱

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136879

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数据说明

新型隐球菌是一种机会性环境真菌病原体，在其流行高峰时期，全球每年估计引起一百万例隐球菌性脑膜炎。这种酵母能够适应各种外部环境（树木、土壤和/或鸟类排泄物）和内部环境（吞噬细胞的细胞内微环境，和/或在宿主组织/体液中自由生活）。这种适应性的遗传基础尚未完全阐明，且主要依赖于单一参考新型隐球菌菌株。为揭示对酵母感染和疾病进展重要的基因，我们比较了来自不同谱系（VNI和VNBI）和来源（环境和临床）的多个菌株在多种条件下的基因表达。在此，我们使用RNA测序评估了七株新型隐球菌分离株在五种代表性体外、环境和体内条件下培养的转录谱。我们表征了该物种两个主要谱系（VNI和VNBI）的分离株之间以及这些条件之间的基因表达差异。

比较这两个谱系的分离株，我们发现显示谱系特异性表达的基因富集于亚端粒区域和谱系特异性基因簇中。在所有条件下普遍存在的主要基因表达差异涉及不同糖源和氮源的利用。比较巨噬细胞和脑脊液（CSF）中的基因表达还揭示了CSF中下调的几个特定通路，包括脂质和碳水化合物代谢，以及缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解，这可能反映了在哺乳动物蛛网膜下腔中生长时与MP相比对宿主营养物质的利用。总之，我们的研究提供了迄今为止对新型隐球菌自然菌株间转录组变异最广泛的视角，并为参与主要体外和体内生长阶段的重要基因提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。