GSE51573：人类脑膜炎部位隐球菌转录组

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51573

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数据说明

新型隐球菌是全球免疫功能低下个体中真菌性脑膜炎的主要原因。研究已对隐球菌在多种应激条件下的转录组进行了分类，如温度、一氧化氮、铁、抗真菌药物和巨噬细胞。然而，对新型隐球菌在人类宿主体内的转录组进行准确而全面的分析，可能有助于更好地理解其生存和致病机制。在本研究中，我们从两名隐球菌性脑膜炎患者的脑脊液（CSF）中直接分离酵母细胞并提取RNA。利用RNA-Seq技术生成并比较了这些酵母细胞在三种环境条件下的转录谱。在相同条件下，两种不同基因型的菌株之间表现出相似的表达模式。与暴露于离体CSF的酵母细胞相比，来自体内CSF的酵母细胞似乎具有更高的代谢活性。此外，与在YPD中生长相比，在离体CSF和体内CSF条件下均显著上调的基因似乎对隐球菌的毒力具有重要作用。

在中枢神经系统中，我们鉴定了菌株间差异表达的基因、单核苷酸变异及新基因，以此强调各菌株虽具有共识性的表达模式，但也各自拥有独特的特征。研究发现，具有转运功能的基因在受调控的转录本中富集，这揭示了酵母在宿主应激环境下发挥的重要作用。这些发现为进一步探究该酵母如何在人体内存活提供了平台，有助于识别可能的抗真菌靶点和/或预测感染结局的遗传标志。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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