GSE136596：RaeL细胞中UHRF1敲除后的转录组分析
该数据集来自NCBI GEO，包含对RaeL细胞中UHRF1敲除后宿主及病毒转录组变化的RNAseq分析。实验对UHRF1敲除的RaeL细胞进行FACSort分选ICAM1+亚群后测序，以表达对照sgRNA的RaeL细胞作为对照
基本信息
资源简介
GSE136596：RaeL细胞中UHRF1敲除后的转录组分析
GSE136596 是一个来自 NCBI GEO 的转录组数据集，题为“Transcriptome analysis to UHRF1 depletion in RaeL cells”，即对 RaeL 细胞中 UHRF1 敲除后的转录组分析。该数据集利用 RNAseq 技术，旨在识别 UHRF1 敲除 RaeL 细胞中宿主及病毒转录组的变化。实验设计上，研究者对 UHRF1 敲除的 RaeL 细胞进行 FACSort 分选，获取 ICAM1+ 亚群后用于 RNAseq 分析，并以表达对照 sgRNA 的 RaeL 细胞作为对照。数据集由 Rui、Guo 提交，发布时间为 Aug 29 201，归类于感染性疾病 / 其他，包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE136596_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集为研究 UHRF1 在 RaeL 细胞中对宿主与病毒转录程序的影响提供了高通量测序层面的表达谱资源。
【数据集背景】
该数据集聚焦于 UHRF1 缺失对 RaeL 细胞转录组的影响。源站描述明确指出，RNAseq 被用于识别 UHRF1 敲除 RaeL 细胞中宿主和病毒转录组的变化。UHRF1 敲除的 RaeL 细胞经过 FACSort 分选获得 ICAM1+ 亚群，这些亚群进一步用于 RNAseq 分析；表达对照 sgRNA 的 RaeL 细胞则作为对照。由此可知，该研究的实验逻辑围绕 UHRF1 敲除与对照细胞之间的转录组比较展开，并特别关注 ICAM1+ 细胞亚群。数据集被本站归类为感染性疾病 / 其他，主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL18573 和 9606，提示其采用高通量测序进行表达谱分析，并涉及人类相关的平台与物种注释信息。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE136596_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩格式，属于系列矩阵文件，通常用于承载该系列样本的表达谱汇总信息。源站描述表明，数据内容来源于对 UHRF1 敲除 RaeL 细胞中 ICAM1+ 亚群以及对照 sgRNA RaeL 细胞的 RNAseq 分析，目标是刻画宿主与病毒转录组的变化。除上述文件与实验描述外，源站未提供更细化的字段结构、样本数量或具体基因层面的内容说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库。源站标题为“Transcriptome analysis to UHRF1 depletion in RaeL cells”，作者为 Rui、Guo，发布时间为 Aug 29 201。数据采集的核心流程在源站描述中已有交代：对 UHRF1 敲除的 RaeL 细胞进行 FACSort 分选，选取 ICAM1+ 亚群进行 RNAseq；对照为表达对照 sgRNA 的 RaeL 细胞。主题标签中的 GPL18573 与 9606 提供了平台与物种相关的注释线索。除此之外，采样地点、伦理审批、具体测序平台运行参数等信息源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于分析 UHRF1 敲除后 RaeL 细胞中宿主转录组与病毒转录组的变化，尤其适合关注 ICAM1+ 亚群在 UHRF1 缺失背景下的表达谱特征。由于对照设置为表达对照 sgRNA 的 RaeL 细胞，该数据可用于敲除组与对照组之间的差异表达比较研究。数据集归类于感染性疾病 / 其他，结合其病毒转录组变化的分析目标，可用于感染性疾病相关的基础研究场景。具体到某一疾病模型、某一病毒种类或某一临床问题，源站未提供进一步说明。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE136596_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件，使用时应以其承载的汇总表达信息为基础开展后续分析。关于矩阵中具体列名、样本分组编码、是否需要额外注释文件等细节，源站未提供，需在实际读取时自行核对。
【质量与限制】
该数据集仅有 1 个文件，样例为系列矩阵压缩包，源站未提供样本层面的原始测序数据、质量控制指标或批次信息。实验描述中明确了 FACSort 分选 ICAM1+ 亚群与对照 sgRNA 的设计，但源站未提供重复数量、测序深度、比对率等质量相关参数。因此，在解释敲除组与对照组之间的转录组差异时，应结合源站未提供的质量控制信息这一限制加以考虑。此外，发布时间标注为 Aug 29 201，年份信息不完整，源站未提供更精确的日期说明。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Rui、Guo，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。引用时应参考 NCBI GEO 中该系列（GSE136596）的官方记录。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或再分发条件，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136596
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
采用RNAseq技术鉴定UHRF1敲除的RaeL细胞中宿主和病毒转录组的变化。对UHRF1 KO RaeL细胞进行FACSort分选ICAM1+亚群，这些亚群进一步用于RNAseq分析。表达对照sgRNA的RaeL细胞用作对照。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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