慢性HBV、HCV和HIV患者外周血NK细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE125686

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：过去十年间，慢性病毒感染期间的NK细胞已被深入研究。我们采用无偏倚的下一代RNA测序方法，旨在识别HIV、HCV和HBV病毒血症对NK细胞转录组影响的共性或差异。方法：通过细胞分选技术，我们从6例HIV、11例HCV和32例HBV感染且未经治疗的患者血液中获取了CD3-CD56+ NK细胞。文库制备与测序使用Illumina mRNA-Seq Sample Prep Kit及HiSeq 2000、HiSeq2500或NextSeq 500完成，后续分析借助内部研发的分析流程进行。结果：在HIV、HCV和HBV患者的NK细胞中，转录组分析分别识别出272、53和56个差异表达基因（倍数变化>1.5，q值0.2）。HIV/HCV患者的NK细胞中干扰素刺激基因被诱导，而HBV感染期间则未见此现象。HIV病毒血症下调了NK细胞中的核糖体组装基因。在HBV感染中，病毒载量和ALT变化对与NK效应功能相关的基因影响甚微。结论：我们首次对比了病毒血症状态下HIV、HCV和HBV患者NK细胞的转录本。

我们清晰地展示了三个不同群体中独特的NK细胞基因特征，提示与健康个体相比，NK细胞区室的功能改变程度存在差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。