基因组分析显示人源与犬源ESBL及其他β-内酰胺酶产大肠杆菌分离株遗传高度相似，提示种间传播可能

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A894928c567279f3c984769e40e0d6ff3f1276ead06288939a09a97d1bea7bdaa

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

背景：产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的肠杆菌科细菌在医院和社区环境中日益成为尿路感染的重要原因。这些质粒介导的酶已在人和犬宿主中被发现，其中blaCTX-M变体是全球范围内最常见的ESBL。我们的目标是通过检查与ESBL及其他β-内酰胺酶基因相关的质粒和细菌全基因组序列（WGS）的遗传相关性，来识别人和犬来源产ESBL细菌之间的水平基因转移（HGT）事件。通过了解遗传相关性，我们旨在深入了解社区获得性环境中ESBL和抗生素耐药性在人与犬之间的传播动态。结果：从人（n = 125）和犬（n = 24）收集的149个质粒中，111个（74.5%）携带A类ESBL基因，其中blaCTX-M-14（31.6%）在人来源质粒中占主导，而blaCTX-M-1在犬来源质粒中占主导（29.6%）。此外……，# 基因组分析揭示ESBL及其他产β-内酰胺酶的*E.

来自人类和犬类的coli*分离株，提示存在种间传播的可能性 数据集DOI：10.5061/dryad.zw3r228kp ## 数据和文件结构说明 所有序列文件均为从医疗中心就诊的尿路感染人类患者体内分离的大肠杆菌中提取的质粒DNA。质粒DNA采用Qiagen质粒Midi试剂盒生产商方案（Qiagen，目录号/ID：12143）提取，随后使用Oxford Nanopore Technology GridION流程测序以获得长读长。这些文件的长读长使用在线基因组注释工具RAST Server 3.35.5和细菌与病毒生物信息资源中心（BV-BRC）（https://www.bv-brc.org/）进行注释。质粒使用SnapGene查看 ### 文件和变量 #### 文件：ESBL_Nanopore_Sequences_FASTA_Files.zip 说明： CTX（编号）表示

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。