一株源自患者血清的发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)毒株基因组序列数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.32316

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们从一名发热伴血小板减少综合征（SFTS）患者的急性期血清中分离并培养了病毒，获得了一株SFTSV毒株。随后将病毒培养上清液送至合肥佳康明生物科技有限公司进行宏基因组下一代测序（mNGS）。

主要步骤如下：(1)样本预处理与核酸提取：培养上清液经离心去除杂质，使用商业试剂盒提取总RNA，并经DNase I处理去除残留宿主DNA；(2)文库构建与质量控制：对提取的核酸去除rRNA/宿主核酸，经逆转录合成cDNA，随后进行末端修复、加A尾和接头连接以构建测序文库，并使用Qubit和生物分析仪评估文库浓度及片段大小分布；(3)高通量测序：在Illumina高通量测序平台上进行双端测序，获得原始测序数据；(4)数据处理与组装：原始reads经接头修剪、低质量过滤和去重，clean reads比对至人类参考基因组以去除宿主序列，剩余病毒相关reads进行de novo组装，并利用参考基因组进一步校正，最终获得该SFTSV毒株的(近)完整基因组序列，以FASTA格式导出并纳入本数据

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。