DAAs根除丙型肝炎病毒前后外周血单个核细胞的基因表达谱
该数据集来自 omicsdi.org，收录了8例慢性HCV患者在接受4周无干扰素DAA联合治疗前及治疗结束后12周的外周血单个核细胞转录组微阵列数据
基本信息
资源简介
DAAs根除丙型肝炎病毒前后外周血单个核细胞的基因表达谱
该数据集聚焦于慢性丙型肝炎（HCV）感染者接受直接抗病毒药物（DAA）治疗前后的外周血单个核细胞基因表达变化，英文全称为“Gene expression profiling of peripheral blood mononuclear cells before and after eradication of Hepatitis C virus by DAAs”，在感染性疾病 / 其他分类下收录，来源站为 omicsdi.org，主题标签为转录组学（Transcriptomics）。数据集收录了8例慢性HCV患者在接受4周无干扰素DAA联合治疗前，以及治疗结束后12周的外周血单个核细胞转录组微阵列数据，可用于观察DAA清除病毒前后循环单核细胞转录谱的变化。整体而言，该数据集以转录组学手段记录了短程无干扰素DAA治疗前后宿主免疫相关细胞的基因表达信息，为研究HCV清除过程中外周免疫细胞的分子响应提供了数据基础。
【数据集背景】
丙型肝炎病毒感染的治疗格局在直接抗病毒药物（DAA）问世后出现了显著改善，无干扰素DAA联合方案使HCV感染的治愈成为可能。在此背景下，研究者关注的问题不仅在于病毒学应答本身，还包括病毒被清除后宿主免疫系统在分子层面发生的变化。外周血单个核细胞是反映机体免疫状态的重要窗口，通过微阵列技术对其转录组进行 profiling，可以在全基因组表达水平上观察治疗前后基因表达谱的差异。该数据集正是在这一研究背景下产生，针对8例慢性HCV患者，比较其在4周无干扰素DAA联合治疗前与治疗结束后12周两个时间点的外周血单个核细胞转录组特征，以刻画病毒被清除前后循环单核细胞的基因表达变化。
【数据内容】
该数据集的核心内容是外周血单个核细胞的转录组微阵列数据，覆盖8例慢性HCV患者，每位患者在两个时间点被采样：基线（即接受4周无干扰素DAA联合治疗之前）以及治疗结束后12周。数据以基因表达谱的形式呈现，主题归类为转录组学。数据集英文名称明确指向“DAAs清除丙型肝炎病毒前后外周血单个核细胞的基因表达谱”，因此其内容组织围绕治疗前与治疗后两个条件的表达谱对比展开。关于具体的基因数量、探针平台型号、表达值矩阵的规模与格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述，研究采用微阵列（microarray）方法评估循环单核细胞的转录组谱，样本来自8例慢性HCV患者，采样时间点分别为基线和使用无干扰素DAA联合方案治疗4周、治疗结束后12周。研究设计为治疗前后自身对照的观察性转录组分析。关于样本采集的具体地点、机构、伦理审批信息以及微阵列实验的具体操作流程，源站未提供。
【适用场景】
基于其内容特征，该数据集适用于以下方向：一是研究HCV感染者在DAA治疗实现病毒清除前后，外周血单个核细胞基因表达谱的变化模式；二是作为转录组学数据，用于探索与干扰素免费DAA治疗相关的宿主免疫细胞分子响应；三是可作为感染性疾病转录组研究中的对照或参照数据，与其他HCV或免疫相关转录组数据集进行比较分析；四是在方法学上可用于微阵列表达谱的差异表达分析、通路水平分析等常见转录组分析流程的练习与验证。需要说明的是，这些场景均基于数据集的转录组学属性与治疗前后对照设计，具体分析结论需依据实际数据内容得出。
【使用方法】
该数据集以微阵列转录组表达谱的形式提供，使用者可按治疗前（基线）与治疗结束后12周两个时间点对8例患者的样本进行分组，开展配对比较分析，识别在两个时间点之间表达发生变化的基因，并进一步进行功能富集或通路分析。由于样本来自同一批患者的前后两个时间点，分析时宜考虑个体配对关系。关于数据的具体文件格式、下载方式、是否提供预处理后的表达矩阵或原始数据，以及配套的分析代码与文档，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的样本量为8例慢性HCV患者，属于小样本研究，统计效力有限，结果解释需谨慎。数据仅覆盖基线及治疗结束后12周两个时间点，未包含治疗期间的其他时间点信息。研究采用微阵列技术，其表达定量特性与高通量测序存在差异。关于数据的质控指标、缺失值情况、批次效应处理以及是否经过标准化等信息，源站未提供。此外，数据集未提供临床元数据（如患者基线特征、病毒学应答情况等）的详细说明，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、原始文献出处、数据许可协议及使用条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集前，应自行向来源站 omicsdi.org 及相关原始数据提交方核实授权与引用要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10952
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
自HCV直接抗病毒药物（DAAs）问世以来，HCV感染的治疗已取得显著改善。我们通过微阵列技术评估了8例慢性HCV患者基线时及接受4周无干扰素DAA联合方案治疗结束后12周时外周血单个核细胞的转录组图谱。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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