评估三种方法诊断中国HSCT后侵袭性真菌感染

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT00460330

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：侵袭性真菌感染、曲霉病、真菌血症、造血干细胞移植。侵袭性真菌感染是造血干细胞移植受者的主要并发症之一，近年来发病率迅速上升。IFI在中国造血干细胞移植受者中也较为常见，目前尚无关于中国患者IFI死亡率和发病率的正式报告，因此本研究可提供这些数据。半乳甘露聚糖（GM）仅为曲霉菌细胞壁成分，当曲霉菌生长时释放入血流。而β-D-葡聚糖（BG）存在于大多数真菌细胞壁中，体液中BG水平升高也是真菌感染的证据。在本研究中，将通过市售试剂盒检测血清GM和BG水平。我们将通过确诊/临床诊断IFI患者和阴性对照来评估GM/G试验的临界值。然后，我们可以计算GM/G试验的敏感性、特异性、阳性和阴性预测值。同时，通过两种方法的比较，我们可能鉴定出真菌的属。

例如，GM试验和G试验同时阳性可能提示病原体为曲霉，而G试验阳性、GM试验阴性则提示念珠菌可能是病原体。RT-PCR也是诊断IFI的一种有用方法，其敏感性高于GM试验和G试验，且可覆盖多种真菌属。小亚基rRNA基因序列在真菌界成员中相对保守，包括曲霉属和念珠菌属、双相真菌、接合菌病病原体以及肺孢子菌。因此，我们将扩增该部分DNA，并使用基因特异性探针检测样本是否对真菌呈阳性。迄今为止，尚无关于实时PCR检测在中国HSCT受者中诊断IFI的报道，因此我们希望开展这项研究。同时，实时PCR检测的结果可帮助我们评估GM试验和G试验与IFI患者的一致性。在进行上述三项诊断检测后，我们可以识别HSCT受者是否

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。