COVID-19住院患者扩增子测序样本

资源简介

COVID-19住院患者扩增子测序样本

该数据集为一份针对COVID-19住院患者的扩增子测序数据集合，共纳入90例因COVID-19住院的个体。患者群体的中位年龄为60.5岁（52.0–69.3岁），整体处于超重状态，身体质量指数中位数为28.4 kg/m²（24.4–32.6 kg/m²），队列中女性占35.6%。测序在NovaSeq600平台上完成，采用基于富集的文库制备方法（IDT-xGEN），对一组与血液系统疾病相关的基因进行靶向扩增子测序，中位覆盖深度为2000x。该数据集属于感染性疾病领域的其他类资源，来源于omicsdi.org，主题聚焦于2019新型冠状病毒感染及相关疾病。整体而言，该数据集将COVID-19住院队列与靶向基因测序相结合，可用于探索感染背景下宿主基因变异特征。

【数据集背景】

该数据集围绕2019新型冠状病毒感染（2019-nCoV infection）、冠状病毒病2019（COVID-19）、严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）等主题构建，收录的是因COVID-19住院患者的扩增子测序数据。数据集所属分类为感染性疾病下的“其他”类别，来源站为omicsdi.org。从研究背景看，该数据将COVID-19住院人群与一组血液系统相关基因的靶向测序结果关联起来，为在感染性疾病语境下考察宿主基因层面的特征提供了数据基础。源站描述中未进一步说明该数据集所依托的具体研究目的、研究设计类型或招募机构等信息。

【数据内容】

数据内容为90例COVID-19住院患者的扩增子测序数据。测序靶标为一组基因，包括ABL1、ASXL1、ATRX、BCOR、BCORL1、BRAF、CALR、CBL、CBLB、CBLC、CDKN2A、CEBPA、CSF3R、CUX1、DNMT3A、ETV6、EZH2、FBXW7、FLT3、FLT3-ITD、GATA1、GATA2、GNAS、GNB1、HRAS、IDH1、IDH2、IKZF1、JAK2、JAK3、KDM6A、KIT、KMT2A、KRAS、MPL、MYD88、NOTCH1、NPM1、NRAS、PDGFRA、PHF6、PPM1D、PTEN、PTPN11、RAD21、RUNX1、SETBP1、SF3B1、SMC1A、SMC3、SRSF2、STAG2、TET2、TP53、U2AF1、WT1、ZRSR2。上述基因覆盖了与髓系肿瘤、淋巴系统疾病及信号通路相关的多个位点，并包含FLT3-ITD这一特定变异类型的检测目标。数据集中样本的具体文件格式、单个样本的数据量、变异检出结果列表等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org。样本来自90例因COVID-19住院的患者，患者中位年龄60.5岁（52.0–69.3岁），BMI中位数28.4 kg/m²（24.4–32.6 kg/m²），女性占35.6%。测序在NovaSeq600仪器上完成，文库制备采用基于富集的方法（IDT-xGEN），目标区域的中位覆盖深度为2000x。关于样本采集的具体时间范围、地理区域、医疗机构、伦理审批信息以及样本处理流程等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集适用于以下方向：一是面向COVID-19住院人群的宿主基因变异分析，考察上述靶向基因在感染队列中的变异分布；二是血液系统相关基因靶向测序流程的方法学参考，尤其是基于IDT-xGEN富集文库与NovaSeq600平台、约2000x中位覆盖深度的扩增子测序实践；三是作为感染性疾病与宿主遗传背景交叉研究的辅助数据资源。由于数据集未提供临床结局、变异检出结果或对照人群信息，其具体分析用途需结合源站进一步确认，源站未提供更多适用场景说明。

【使用方法】

使用该数据集时，可依据扩增子测序数据的常规处理流程进行：对原始测序读段进行质控与比对，针对目标基因区域进行变异识别与注释，并结合样本层面的元数据（年龄、BMI、性别构成等）开展分组或描述性分析。由于目标区域中位覆盖深度为2000x，通常可满足对目标位点变异的可靠检出需求。关于数据的具体下载方式、文件组织格式、是否提供预处理后的变异矩阵或配套分析脚本，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集明确了测序平台（NovaSeq600）、文库制备方法（IDT-xGEN）与中位覆盖深度（2000x），并给出了队列的年龄、BMI与性别构成，这些信息有助于评估数据的基本技术特征与队列构成。其限制在于：样本量仅为90例，且为单一住院队列，缺乏对照组信息；数据集未提供临床分型、结局指标、合并症、采样时间等关键变量；靶向基因面板聚焦于血液系统相关基因，并非全基因组或全外显子测序，结论外推范围有限。此外，变异检出的准确性评估、批次效应、样本质量指标等信息，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献出处、数据许可协议与使用条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前，应前往来源站omicsdi.org核实相关要求。