核糖病毒纲Stelpaviricetes的多样性与演化
该数据集包括3,656种Stelpaviricetes纲病毒和两种Picornavirales目病毒的RdRP核心多序列比对，以及基于该多序列比对重建的系统发育树
基本信息
资源简介
核糖病毒纲Stelpaviricetes的多样性与演化
Diversity and evolution of the ribovirian class Stelpaviricetes 是一个面向病毒多样性研究与系统发育分析的数据集，收录了 3,656 种 Stelpaviricetes 纲病毒以及两种 Picornavirales 目病毒的 RdRP 核心多序列比对，并提供了基于该多序列比对重建的系统发育树。该数据集由 Gulyaeva、Mutz、Liu、Wolf、Han、Koonin 与 Dolja 等研究者共同完成，存放于 Zenodo，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。在本站分类中，该数据集归入感染性疾病 / 其他类别，其来源站为 doi.org。整体而言，该数据集为研究 Stelpaviricetes 纲内各病毒之间的进化关系与多样性格局提供了序列比对与树形结构两方面的基础材料。
【数据集背景】
Stelpaviricetes 是核糖病毒（ribovirian）中的一个纲，其成员间的多样性与进化关系是病毒分类与演化研究关注的内容。RdRP（RNA 依赖的 RNA 聚合酶）核心区域是 RNA 病毒系统发育分析的常用分子标记，围绕该区域构建多序列比对并重建系统发育树，是刻画该类群内部关系与演化历史的常见做法。该数据集正是在这一背景下构建，旨在为 Stelpaviricetes 纲病毒的多样性及进化研究提供可复用的比对与树文件。源站未提供关于该数据集构建动机的更详细说明。
【数据内容】
该数据集的核心内容包括两部分：一是 RdRP 核心多序列比对（MSA），覆盖 3,656 种 Stelpaviricetes 纲病毒，并额外纳入两种 Picornavirales 目病毒；二是基于上述多序列比对重建的系统发育树。比对与树共同构成一套配套数据，便于使用者直接开展进化关系分析。源站未提供比对的具体长度、位点数、序列覆盖度、建树所用方法及支持度等信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 doi.org，存放机构为 Zenodo，作者包括 Gulyaeva, Anastasia、Mutz, Pascal、Liu, Qiyan、Wolf, Yuri I.、Han, Guan-Zhu、Koonin, Eugene V. 与 Dolja, Valerian V.。发布时间为 2026 年。源站未提供病毒序列的具体获取途径、筛选标准及比对构建流程的细节。
【适用场景】
该数据集可用于 Stelpaviricetes 纲病毒的系统发育与多样性研究，例如考察纲内各病毒类群之间的进化关系、比较不同病毒序列在 RdRP 核心区域的保守与变异格局，以及将 Picornavirales 目病毒作为参照进行类群间比较分析。此外，该比对与树也可作为后续进化分析的基础数据使用。源站未提供关于具体应用案例的说明。
【使用方法】
使用者可下载 RdRP 核心多序列比对与系统发育树文件，结合常规的系统发育分析或序列比对可视化工具进行查看与再分析。由于比对与树相互配套，可对照使用以核验类群关系。源站未提供文件格式、文件数量及具体操作步骤等信息。
【质量与限制】
该数据集覆盖 3,656 种 Stelpaviricetes 纲病毒及两种 Picornavirales 目病毒，样本规模较大，但源站未提供序列质量评估、比对质量指标、建树可靠性评价等信息，使用者在解释系统发育关系时需自行评估相关不确定性。此外，数据集的分类范围限于 Stelpaviricetes 纲及作为参照的两种 Picornavirales 目病毒，结论不宜直接外推至其他病毒类群。
【引用与许可】
该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，使用时需按该许可要求进行署名。引用时应标注数据集英文名 Diversity and evolution of the ribovirian class Stelpaviricetes 及上述作者信息，来源站为 doi.org，存放机构为 Zenodo。源站未提供具体的引用格式与 DOI 编号。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22036040
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 22.4 MB。
数据说明
该数据集包括3,656种类Stelpaviricetes病毒和两种Picornavirales目病毒的RdRP核心MSA，以及基于该MSA重建的系统发育树。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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