皮肤微生物群破坏导致蝾螈疾病

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Acd37239edcaa00621b9993a190c0652414592d93f2613f7febcdf329eb6e6579

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

新发传染病发生率的不断上升凸显了理解微生物组与病原体相互作用的重要性。两栖动物皮肤微生物组因其减轻疾病导致的两栖动物种群衰退的潜力而受到广泛研究。然而，该系统中其他微生物相互作用在疾病暴发的背景下在很大程度上被忽视。欧洲火蝾螈因新出现的蝾螈壶菌（Batrachochytrium salamandrivorans，Bsal）而经历了急剧的种群崩溃。我们在该系统的多个层面上研究了微生物相互作用。我们发现，野生健康火蝾螈维持着复杂的皮肤微生物群，其中包含抑制Bsal的成员，但该群落的丰度异常低。通过实验，我们发现通过每日添加抑制Bsal的细菌以提高其细菌密度，可减缓火蝾螈的疾病进展。此外，我们发现实验性Bsal感染引起了皮肤微生物组的细微变化，某些机会性细菌的相对丰度增加，导致败血症事件，同时伴随表皮的广泛破坏。

这些结果表明，在自然环境中，火蝾螈的皮肤使细菌群落维持在过低的数量水平，无法提供足够的保护以抵御Bsal，事实上，原生皮肤微生物群本身可成为机会性细菌病原体的来源，从而促进致病过程。这些数据揭示了微生物组与一种致命病原体之间复杂的相互作用，为皮肤微生物组与野生动物疾病之间的相互影响提供了新的视角。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。