登革病毒2型或模拟体外感染后抗性与易感队列的差异miRNome分析

该数据集来自omicsdi.org,属于感染性疾病/其他分类,主题为Transcriptomics。研究比较登革流行区人群中抗登革病毒感染(RD)与易感(SD)两组个体,在模拟感染或Dengue Virus serotype 2体外感染后单核细胞的miRNome,每组7人

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Differential miRNome analysis in a dengue resistant cohort versus susceptible after Dengue Virus serotype 2 or mock in vitro infection

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

登革病毒2型或模拟体外感染后抗性与易感队列的差异miRNome分析

该数据集聚焦于登革病毒感染自然抵抗机制的转录组学研究,英文名称为“Differential miRNome analysis in a dengue resistant cohort versus susceptible after Dengue Virus serotype 2 or mock in vitro infection”,在感染性疾病/其他分类下收录,来源站为omicsdi.org,主题标签为Transcriptomics。研究以登革流行区人群为对象,依据抗登革病毒抗体状态将个体划分为易感组(SD)与抵抗组(RD),并假设抗登革病毒血清阴性个体可能代表对登革病毒感染具有抵抗性的人群。研究者采集两组各7名个体单核细胞的miRNome,在模拟感染或登革病毒2型(DENV-2)体外感染条件下进行比较分析,并从中挑选差异调控的miRNA作为后续功能研究的候选分子。该数据集为理解宿主天然抵抗登革病毒感染的miRNA层面机制提供了转录组学资源。

【数据集背景】

微小RNA(miRNA)已被认为是抗感染抵抗性中的重要参与者。该研究旨在识别参与登革感染自然抵抗的miRNA。研究选取生活在登革流行区的两类人群,根据其抗登革病毒抗体状态将其分类为对登革病毒感染易感(SD)或抵抗(RD)。研究提出的假设是,抗登革病毒血清阴性的个体可能代表对登革病毒感染具有抵抗性的人群。基于这一背景,研究对两组人群单核细胞在模拟感染或DENV-2体外感染后的miRNome进行比较,以发现与抵抗表型相关的miRNA差异表达特征。

【数据内容】

数据集的核心内容是登革抵抗队列与易感队列在DENV-2或模拟感染后的差异性miRNome分析。具体而言,研究评估了每组7名个体单核细胞在模拟感染或DENV-2感染条件下的miRNome;差异调控的miRNA被选为功能研究的候选分子。数据集英文名称明确指向“抵抗队列 versus 易感队列”在“DENV-2或模拟感染”后的差异性miRNome分析,主题标签为Transcriptomics,表明其数据属于转录组学范畴。除上述信息外,源站未提供关于具体miRNA数量、表达矩阵规模、测序平台或统计方法的进一步说明。

【采集与来源】

样本来自生活在登革流行区的人群,依据抗登革病毒抗体状态分为易感组(SD)与抵抗组(RD),每组7名个体。研究对象为这些个体单核细胞,在体外分别接受模拟感染或登革病毒2型(DENV-2)感染后开展miRNome评估。数据集来源站为omicsdi.org,本站分类为感染性疾病/其他。除上述来源与样本信息外,源站未提供具体的采集地点、采集时间、伦理审批信息或样本处理细节。

【适用场景】

该数据集适用于登革病毒感染自然抵抗机制的转录组学研究,尤其是从miRNA层面探索宿主抵抗与易感差异的场景。可用于比较抵抗组与易感组在DENV-2感染与模拟感染条件下单核细胞miRNome的差异,识别差异调控miRNA,并为后续功能研究提供候选分子。主题标签Transcriptomics表明其可服务于转录组学相关的数据整合与分析。除上述方向外,源站未提供关于其他具体应用场景的说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法、文件格式、数据处理流程或分析工具说明。使用者可依据数据集名称与描述所体现的研究设计,理解其比较框架为抵抗组与易感组在DENV-2或模拟感染条件下的miRNome差异分析,但具体的下载方式、数据组织结构和分析步骤需以源站实际提供的信息为准。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、样本量之外的统计效力、技术重复、批次效应或验证实验结果的说明。已知每组样本量为7名个体,研究设计包含模拟感染与DENV-2感染两种条件;差异调控miRNA被选为功能研究候选,但源站未提供功能研究的具体结果。使用时应结合源站信息判断数据适用范围与局限性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

下载信息

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-13628

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MicroRNAs已成为抗感染抵抗力的重要参与者。本研究旨在鉴定参与登革热感染天然抵抗力的miRNA。根据抗登革病毒(DENV)抗体状态,将生活在登革热流行区的两组人群分为对DENV感染易感(SD)或抵抗(RD)。我们假设抗DENV血清阴性个体可能代表对DENV感染具有抵抗力的人群。对每组7名个体的单核细胞在模拟感染或DENV-2感染后的miRNome进行了评估。选择失调的miRNA作为功能研究的候选对象。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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