感染与未感染Leishmania braziliensis的U937衍生巨噬细胞差异基因表达
该数据集来自omicsdi.org，提供基于基因表达微阵列分析的U937衍生巨噬细胞在感染与未感染Leishmania braziliensis条件下的差异表达基因谱
基本信息
资源简介
感染与未感染Leishmania braziliensis的U937衍生巨噬细胞差异基因表达
该数据集聚焦于感染性疾病研究中的转录组学层面，旨在比较U937衍生巨噬细胞在感染与未感染利什曼原虫（Leishmania braziliensis）条件下的基因表达差异。研究基于基因表达微阵列分析，通过对比两种培养条件下的表达谱，识别差异表达基因列表。数据集由三个独立实验共6个样本的表达谱组成，其中3个样本为感染利什曼原虫的U937衍生巨噬细胞，另3个为未感染的U937衍生巨噬细胞，共完成18次微阵列分析。该数据集来源于omicsdi.org，归类于感染性疾病/其他，主题标签为转录组学，可为宿主细胞对利什曼原虫感染的转录响应研究提供表达谱层面的数据基础。
【数据集背景】
利什曼原虫感染宿主巨噬细胞后，会改变细胞的基因表达格局，进而影响宿主免疫应答与病原体存活。该研究的主要目标即在于识别感染利什曼原虫（Leishmania braziliensis）与未感染巨噬细胞培养物之间差异表达的基因列表，所采用的技术路线为基因表达微阵列分析。数据集以U937衍生巨噬细胞为研究对象，围绕感染与未感染两种条件构建对比表达谱，属于感染性疾病领域的转录组学研究资源。
【数据内容】
数据集包含6个样本的表达谱，来自三个独立实验，每个实验设有三个技术重复。6个样本中，3个为感染利什曼原虫的U937衍生巨噬细胞，另外3个为未感染利什曼原虫的U937衍生巨噬细胞。围绕这些样本共进行了18次微阵列分析。数据内容的核心是两种条件下巨噬细胞的基因表达谱，以及由此得到的差异表达基因列表。主题标签为转录组学，表明数据属于转录层面的表达测量结果。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。样本材料为U937衍生巨噬细胞，实验设计包括感染与未感染两组，每组各3个样本，并覆盖三个独立实验，每个实验包含三个技术重复，合计完成18次微阵列分析。源站描述未提供样本制备、RNA提取、杂交、扫描等具体实验操作细节，也未提供测序或微阵列平台型号、数据文件格式等信息。
【适用场景】
该数据集适用于感染性疾病与转录组学交叉方向的研究场景，例如：比较宿主巨噬细胞在利什曼原虫感染前后的基因表达变化；筛选与感染相关的差异表达基因；为后续宿主-病原体相互作用研究提供候选基因线索；也可作为微阵列表达谱分析的教学或方法学参考数据。由于数据聚焦于U937衍生巨噬细胞这一细胞模型，其适用场景主要围绕该细胞模型下的感染转录响应研究。
【使用方法】
使用时可依据感染组与未感染组的样本划分进行组间比较，结合三个独立实验及技术重复的结构评估表达差异的稳定性。差异表达基因列表可作为下游分析（如功能注释、通路富集等）的输入，但具体分析流程、统计方法、阈值设定及数据文件组织方式源站未提供。使用者需根据源站提供的原始或处理后表达数据自行确定分析策略。
【质量与限制】
数据集包含三个独立实验、每个实验三个技术重复，并合计完成18次微阵列分析，具备一定的重复结构。但源站描述未提供样本量以外的统计效能说明、数据质控指标、归一化方法、差异表达判定标准及验证实验结果。该数据基于U937衍生巨噬细胞模型，源站未提供其他细胞类型或体内实验的验证信息。此外，源站未提供数据完整性、批次效应处理及缺失值情况等质量相关信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-61211
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究的主要目标是基于基因表达微阵列分析，鉴定感染巴西利什曼原虫（Leishmania braziliensis）的巨噬细胞培养物与未感染巨噬细胞培养物之间差异表达的基因列表。该数据集由来自三个独立实验的6个样本的表达谱组成，每个实验设有三个技术重复。6个样本中有3个为感染巴西利什曼原虫的U937衍生巨噬细胞，另外3个为未感染巴西利什曼原虫的U937衍生巨噬细胞。共进行了18次微阵列分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
