美洲寨卡病毒早期流行病学与遗传学发现数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.6kn23

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 613.9 KB。

数据说明

巴西经历了前所未有的寨卡病毒（ZIKV）疫情，迄今报告约30，000例病例。ZIKV于2015年5月在巴西首次被发现，2015年11月确认了可能与ZIKV感染相关的小头症病例。通过下一代测序技术，我们获得了七个巴西ZIKV基因组，样本来自四例自限性病例、一名献血者、一例成人致命病例以及一名患有小头症和先天性畸形的新生儿。系统发育和分子钟分析显示，ZIKV单一传入美洲，估计发生在2013年5月至12月之间，比巴西发现ZIKV早超过12个月。估计的起源日期与从ZIKV流行区飞往巴西的航空旅客增加以及太平洋岛屿报告的疫情暴发时间相吻合。来自巴西的ZIKV基因组在系统发育上与南美和加勒比其他国家的基因组交错分布。

将突变映射到现有结构模型上，揭示了疫情谱系中存在的病毒氨基酸变化的背景；然而，在当前可获得的三个小头症病例病毒基因组中，并未发现共有的氨基酸变化。市级发病率数据表明，巴西报告的小头症疑似病例与怀孕第17周左右的ZIKV发病率最为相关，尽管这并未证明因果关系。我们对巴西ZIKV分离株的遗传描述和分析，为未来研究这一新兴病毒在美洲的演化和分子流行病学提供了基线。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。