两栖动物病原体共感染多响应模型数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.14nr4

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 312.8 KB。

数据说明

1. 寄生虫之间的关联影响着宿主-寄生虫动态的诸多方面，但由于缺乏分析工具，对观测数据中寄生虫相关性的研究受到了限制，而这些数据往往嵌套于空间和生物学尺度之中。2. 在此，我们展示了分层多响应建模如何通过允许分层结构、提供不确定性估计以及纳入相关性模型结构来刻画寄生虫关联。在介绍了通用方法之后，我们将该框架应用于研究四种两栖动物寄生虫（吸虫Ribeiroia ondatrae和Echinostoma spp.、壶菌Batrachochytrium dendrobatidis以及蛙病毒）之间的共感染，涉及超过2000个个体宿主、90个研究地点和五种两栖动物宿主。3. 92%的地点 and 80%的宿主支持两种或更多病原体物种。我们的结果揭示了寄生虫配对之间的强相关性，这些相关性因尺度（从宿主间到地点间）和分类（微寄生虫与宏寄生虫）而异，但在分类学上多样化的宿主物种间大体一致。在宿主尺度上，吸虫R.的感染

与蛙片虫（Ondatrae）呈正相关的是微寄生虫，即蛙壶菌（B. dendrobatidis）和蛙病毒（ranavirus），而这两者本身也呈正相关。然而，第二种吸虫（棘口吸虫属，Echinostoma spp.）的感染与蛙壶菌和蛙病毒均呈负相关，无论是在宿主水平还是样地水平上，这凸显了微寄生虫与宏寄生虫之间差异性关系的重要性。4. 鉴于自然系统中固有的共感染共生体组合数量庞大，尤其是跨多个宿主物种时，对横断面野外数据进行多响应建模提供了一种有价值的工具，可用于识别出数量可控的假设性相互作用以供实验检验，同时兼顾不确定性和潜在的共同暴露来源。具体到两栖动物，共感染的高频率……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。