Aspergillus viridinutans复合体(Fumigati组)物种界限研究数据

该数据集来自 Dryad,围绕 Aspergillus viridinutans 复合体(AVSC,Fumigati 组)的物种界限问题,汇集了来自六大洲的 110 株临床与环境菌株

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基因组分类Aspergillus fumigatus var. sclerotiorumAspergillus parafelisNeosartorya indohiiAspergillus arcoverdensisAspergillus indohiisoil fungiAspergillus wyomingensisinterspecies hybridsheterothallic speciesAspergillus aureolusAspergillus frankstonensisNeosartorya aureola
Data from: Unravelling species boundaries in the Aspergillus viridinutans complex (section Fumigati): opportunistic human and animal pathogens capable of interspecific hybridization

基本信息

模态
基因组
大小
0.001855906 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Zero v1.0 Universal
创建/更新时间
2026-10-08
版本
1

资源简介

Aspergillus viridinutans复合体(Fumigati组)物种界限研究数据

Data from: Unravelling species boundaries in the Aspergillus viridinutans complex (section Fumigati): opportunistic human and animal pathogens capable of interspecific hybridization

该数据集来自 Dryad,围绕 Aspergillus viridinutans 复合体(AVSC,Fumigati 组)的物种界限问题,汇集了来自六大洲的 110 株临床与环境菌株。研究对四至六个基因位点进行 DNA 测序,测试主要系统发育支系内及支系间的生物学亲和性,并观察子囊孢子形态,同时采用基于多物种溯祖模型(MSC)的物种界定方法。数据可用于真菌物种分类与鉴定、机会性致病菌的耐药与难治性感染研究,以及种间杂交与物种界限分析(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2019。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):尽管 Aspergillus fumigatus 是侵袭性曲霉病的主要病原体,但由其隐存种引起的感染日益增多,尤其是 A. lentulus 和 A. viridinutans 物种复合体(AVSC)。由于存在抗真菌药物耐药性和难治性感染,它们的鉴定具有临床意义。AVSC 的物种界限尚未解决,因为大多数物种形态一致,并在体外产生种间杂种。来自六大洲的临床和环境菌株(n = 110)通过四至六个位点的 DNA 测序进行了表征。在主要系统发育支系内部和之间测试了生物学亲和性,并对子囊孢子形态进行了表征。基于多物种溯祖模型(MSC)的物种界定方法支持识别十个物种,其中包括一个新种。四个物种被确认为机会性 p

【主题与分类】

主题标签:Aspergillus fumigatus var. sclerotiorum、Aspergillus parafelis、Neosartorya indohii、Aspergillus arcoverdensis、Aspergillus indohii、soil fungi、Aspergillus wyomingensis、interspecies hybrids、heterothallic species、Aspergillus aureolus。本站分类:感染性疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.38889

使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。

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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.38889

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.9 MB。

数据说明

尽管烟曲霉是侵袭性曲霉病的主要病原体,但由其隐存种,尤其是A. lentulus和A. viridinutans种复合体(AVSC)引起的感染日益增多。由于其抗真菌药物耐药性和难治性感染,它们的鉴定具有临床相关性。AVSC中的物种界限尚未解决,因为大多数物种形态一致,并在体外产生种间杂种。对来自六大洲的临床和环境菌株(n = 110)通过4至6个基因座的DNA测序进行了表征。测试了主要系统发育支系内部和之间的生物相容性,并表征了子囊孢子形态。基于多物种合并模型(MSC)的物种界定方法支持识别出10个物种,包括一个新种。确认有四个物种为机会性病原体;A. udagawae、A. felis和A. pseudoviridinutans已知可引起人类机会性感染,而A. felis、A. udagawae和A. wyomingensis是猫鼻眶曲霉病的病原体。最近描述的人类致病物种A. parafelis和A.

pseudofelis与A. felis同义,并为A. udagawae指定了一个后选模式。种内交配试验表明,只有少部分异宗配合物种能在体外轻易产生有性型。种间交配试验揭示,五个不同的物种组合在生物学上相容。杂种子囊孢子的表面纹饰不典型,且尺寸与亲本物种显著不同。这表明AVSC中的物种界限由合子前和合子后屏障共同维持,且这些物种展现出快速适应和调节其毒力的巨大潜力。本研究强调,代表一个物种内遗传多样性的足够数量的菌株对于有意义的物种界限划定至关重要。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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