数据来源:识别未来人畜共患疾病威胁——我们对灵长类感染病的认识存在哪些空白?
该数据集来自 Dryad,由 Cooper 与 Nunn 于 2013 年发布,主题为灵长类感染病与人畜共患疾病威胁。数据整合了灵长类宿主—寄生虫记录及相关变量,用于考察灵长类采样努力与其地理分布范围的关系,以及各国采样努力与其灵长类物种丰富度的关系

基本信息
资源简介
数据来源:识别未来人畜共患疾病威胁——我们对灵长类感染病的认识存在哪些空白?
Data from: Identifying future zoonotic disease threats: where are the gaps in our understanding of primate infectious diseases?
该数据集来自 Dryad,由 Cooper 与 Nunn 于 2013 年发布,主题为灵长类感染病与人畜共患疾病威胁。数据整合了灵长类宿主—寄生虫记录及相关变量,用于考察灵长类采样努力与其地理分布范围的关系,以及各国采样努力与其灵长类物种丰富度的关系。研究采用广义线性模型,并控制系统发育或空间自相关,以识别灵长类寄生虫采样中的空白,尤其是可能已对人类健康构成威胁的病原体。该数据可用于感染性疾病与生态学交叉研究,支持采样缺口分析与未来人畜共患疾病威胁评估(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2013。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):背景与目标:新发感染病常源于野生动物,因此识别野生种群中的感染因子十分重要。人们普遍承认,野生动物感染因子的采样并不完整,尤其是在发展中国家,但尚不清楚还需要多少采样,以及这些努力应针对哪些宿主物种和地理位置。在此,我们识别灵长类寄生虫中的这些空白,其中许多寄生虫已经作为人类健康的威胁而出现。方法:我们从现有数据库中获取灵长类宿主—寄生虫记录及其他变量。随后,我们研究了灵长类内部的采样努力与其地理分布范围大小的关系,以及各国内部的采样努力与其灵长类物种丰富度的关系。我们使用广义线性模型,并控制系统发育或空间自相关,以建模变异
【主题与分类】
主题标签:Recent、primate、Global Mammal Parasite Database、parasite accumulation curves、Primates、macroparasites、microparasites、sampling gaps。本站分类:感染性疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.510sb
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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数据集获取
源站:https://doi.org/10.5061/dryad.510sb
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 347.1 KB。
数据说明
背景与目标:新发传染病往往源自动物,因此识别野生动物种群中的传染性病原体十分重要。人们普遍认识到,野生动物传染性病原体的采样并不充分,尤其是在发展中国家,但尚不清楚还需要增加多少采样,以及在宿主物种和地理位置上应重点在哪里投入努力。在此,我们识别了灵长类寄生虫研究中的这些空白,其中许多寄生虫已经显现为对人类健康的威胁。方法:我们从现有数据库中获取了灵长类宿主-寄生虫记录及其他变量。随后,我们研究了灵长类内部相对于其地理分布范围的采样力度,以及各国内部相对于其灵长类物种丰富度的采样力度。我们使用广义线性模型,控制系统发育或空间自相关,来模拟灵长类和国家间采样力度的变异。最后,我们使用物种丰富度估计量来外推寄生虫物种丰富度。结果:我们发现所有灵长类类群和各大陆内部的采样力度均不均衡。
灵长类动物的采样力度受其地理分布范围和栖息基质利用的影响,其中陆生种类获得了更多的采样。我们的寄生虫物种丰富度估计表明,在采样最充分的灵长类动物和国家中,仍有近半数的灵长类寄生虫有待采样;对于大多数灵长类宿主而言,情况则更为严峻。结论与意义:灵长类寄生虫的采样力度既不均衡又偏低。一个令人警醒的信息是,即便对于研究最为深入的灵长类动物,我们也所知甚少,至于物种内部寄生虫感染的空间和时间分布,了解更是微乎其微。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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