Name: 儿童与成人残留胆脂瘤危险因素回顾性研究数据
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

基本信息

模态

基因组

大小

0.001676788 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-06-08

版本

v1

资源简介

儿童与成人残留胆脂瘤危险因素回顾性研究数据

DataSheet_1_Identification of Novel Genes and Biological Pathways That Overlap in Infectious and Nonallergic Diseases of the Upper and Lower Airways Using Network Analyses.zip

该数据集来自 frontiersin.figshare.com，包含 1 个文件，与一项关于儿童和成人残留胆脂瘤危险因素的 110 例翻修手术回顾性研究相关。数据涉及胆脂瘤、中耳炎、鼻窦炎及上下气道感染与非过敏性疾病的重叠基因和生物学通路，包含基于 RNA 测序的差异表达基因分析，其中胆脂瘤与中耳黏膜间鉴定出 1806 个差异表达基因。该数据可用于感染性疾病中基因、通路与网络层面的比较研究，以及胆脂瘤相关风险因素的探索（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《United Airway Diseases. Should We Add Upper Airway Inflammatory Disorders to the List of Chronic Obstructive Pulmonary Disease Comorbidities?》发表于 Annals of the American Thoracic Society（2015），DOI：10.1513/AnnalsATS.201505-309ED。源站首次发布：2020-01-17。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：以往关于中耳炎和气道感染易感性的遗传研究主要集中于局部黏膜上皮内发挥作用的免疫通路，而在过敏性鼻炎和哮喘之外，关于上下气道之间在基因、通路或网络层面重叠的研究有限。在本报告中，我们比较了[1]通过网络分析确定的通路，这些通路来自已发表的针对中耳炎、鼻窦炎和肺部表型的全基因组家族研究和关联研究衍生的基因，与[2]使用来自下气道、鼻窦和中耳组织的 RNA 测序数据中的差异表达基因所确定的通路，特别是胆脂瘤组织与中耳黏膜的比较。对于中耳炎，大量基因（n = 1,806）被鉴定为在胆脂瘤与中耳黏膜之间差异表达，这进而导致了……

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 1.68 MB。数据集 DOI：10.3389/fgene.2019.01352.s001。

【主题与分类】

源站学科分类：Gene and Molecular Therapy、Biomarkers、Genetics、Genetically Modified Animals、Developmental Genetics (incl. Sex Determination)、Epigenetics (incl. Genome Methylation and Epigenomics)。主题标签：cholesteatoma、immune pathways、lower airway、mucosa、networks、otitis media、RNA-sequencing、sinusitis。本站分类：感染性疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Gene and Molecular Therapy、Biomarkers、Genetics、Genetically Modified Animals、Developmental Genetics (incl. Sex Determination)、Epigenetics (incl. Genome Methylation and Epigenomics)。

【获取与许可】

源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Identification_of_Novel_Genes_and_Biological_Pathways_That_Overlap_in_Infectious_and_Nonallergic_Diseases_of_the_Upper_and_Lower_Airways_Using_Network_Analyses_zip/11637333

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Baschal, Erin E.; Larson, Eric D.; Roberts, Tori C. Bootpetch; Pathak, Shivani; Frank, Gretchen; Handley, Elyse; et al. (2020). DataSheet_1_Identification of Novel Genes and Biological Pathways That Overlap in Infectious and Nonallergic Diseases of the Upper and Lower Airways Using Network Analyses.…

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-08，引用时请注意版本时效。

原始链接

https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Identification_of_Novel_Genes_and_Biological_Pathways_That_Overlap_in_Infectious_and_Nonallergic_Diseases_of_the_Upper_and_Lower_Airways_Using_Network_Analyses_zip/11637333/1

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：DataSheet_1_Identification of Novel Genes and Biological Pathways That Overlap in Infectious and Nonallergic Diseases of the Upper and Lower Airways Using Network Analyses.zip
DOI：10.3389/fgene.2019.01352.s001
发布日期：2020-01-17
文件数：1 个
文件总体积：1.68 MB
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Identification_of_Novel_Genes_and_Biological_Pathways_That_Overlap_in_Infectious_and_Nonallergic_Diseases_of_the_Upper_and_Lower_Airways_Using_Network_Analyses_zip/11637333

命令行下载

curl -L -o "DataSheet_1_Identification of Novel Genes and Biological Pathways That Overlap in Infectious and Nonallergic Diseases of the Upper and Lower Airways U.zip" "https://ndownloader.figshare.com/files/21110658"

文件清单

DataSheet_1_Identification of Novel Genes and Biological Pathways That Overlap in Infectious and Nonallergic Diseases of the Upper and Lower Airways U.zip（1.68 MB）

文件总体积 1.68 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

以往关于中耳炎和气道感染易感性的遗传学研究主要集中于局部黏膜上皮内发挥作用的免疫通路，而在过敏性鼻炎和哮喘之外，关于上、下气道之间在基因、通路或网络层面重叠的研究有限。在本报告中，我们比较了[1]通过网络分析确定的通路，这些通路使用的基因来源于已发表的针对中耳炎、鼻窦炎和肺部表型的全基因组家族研究和关联研究，与[2]使用下气道、鼻窦和中耳组织RNA测序数据中差异表达基因确定的通路，特别是胆脂瘤组织与中耳黏膜的比较。对于中耳炎，大量基因（n = 1,806）被鉴定为在胆脂瘤和中耳黏膜之间差异表达，进而鉴定出68条在胆脂瘤中富集的通路。两个差异表达基因CR1和SAA1在中耳、鼻窦和下气道样本中重叠，可能是中耳炎易感性的潜在新基因。

此外，中耳组织与鼻窦或下呼吸道组织中均有56个基因差异表达。上、下呼吸道疾病中常见的通路，无论是来自已发表的DNA研究还是我们的RNA测序分析，均包括染色质组织/重塑、内吞作用、免疫系统过程、蛋白质折叠和病毒过程。综上所述，我们从遗传易感性和差异组织表达研究中获得的结果支持这一假说：即上、下呼吸道作为整合单元发挥作用的统一气道理论，同样适用于感染性和非过敏性气道上皮疾病。我们的结果可作为参考，用于识别与上、下呼吸道相关的基因或通路，无论这些基因或通路是各部位共有的，还是每种疾病所特有的。