健康人肠道内优势大肠杆菌ED1a一年期自然分离株演化数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.v5374

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 24.36 GB。

数据说明

对大肠杆菌进行的体外和体内进化实验揭示了细菌适应的若干原则。然而，文献中描述大肠杆菌在其自然环境中行为的数据很少。我们在此尝试通过纵向基因组研究，探究属于B2系统发育群的人类肠道共生优势大肠杆菌克隆ED1a在人体肠道中的进化。我们对一个健康个体在近一年内三个不同时间点采样的24个分离株进行了测序。我们计算出健康人体肠道中大肠杆菌ED1a染色体的突变率为每碱基每年6.90×10^-7。我们观察到基因组多样性非常有限，并且未能检测到任何选择的证据，这与在相似时间跨度的实验进化中所观察到的相反。因此，我们认为ED1a已很好地适应健康人体肠道，其进化大多是中性的，有效种群规模较小（Ne ≈ 500 – 1700）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。