突变菌与非突变菌对寄生虫适应及抗性代价的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.cj910

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数据集大小约 147.1 KB。

数据说明

寄生现象在宿主种群中创造了对抗性机制的选择压力，并被认为能促进宿主进化能力的提升。然而，当寄生虫不再存在时，这些特性对宿主进化的影响尚不清楚。我们利用实验进化与大肠杆菌全基因组测序，探究了过去和现在暴露于寄生病毒（噬菌体）对突变等位基因传播、抗性及细菌竞争适应度的影响。我们发现，在适应四种不同噬菌体的过程中，突变等位基因迅速扩散，而当多种噬菌体同时存在时，这一模式更为显著。然而，在无噬菌体环境下，超突变性并未明显加速适应过程及抗性相关适应度成本的恢复。若干世系通过增加黏液性进化出噬菌体抗性，在随后无噬菌体的进化过程中，它们迅速恢复为非黏液性、对噬菌体敏感的表型。基因组测序揭示，这种表型回复是通过额外的遗传变化实现的，而非初始抗性突变的基因型回复。

插入序列(IS)元件在抗性获得和无寄生虫情况下的适应性中均发挥了关键作用；与单核苷酸多态性(SNPs)不同，IS插入在突变型谱系中并不更频繁。我们的结果为黏液样表型的快速回复提供了遗传学解释，这一现象也在包括人类病原体在内的其他细菌物种中观察到。此外，这表明适应适合度代价的遗传变化类型，以及因此诸如点突变率增加等进化机制的影响，关键取决于抗性机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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