混合感染特征数据集
该数据集来自plos.figshare.com，包含一项关于KSHV混合感染特征研究的表格文件。研究对来自22个国家的76名KSHV相关疾病患者的102个KSHV基因组进行了测序，涵盖卡波西肉瘤、原发性渗出性淋巴瘤、KSHV相关大细胞淋巴瘤、多中心Castleman病和KSHV炎症细胞因子综合征等疾
基本信息
资源简介
混合感染特征数据集
Characteristics of Mixed Infections.
该数据集来自plos.figshare.com，包含一项关于KSHV混合感染特征研究的表格文件。研究对来自22个国家的76名KSHV相关疾病患者的102个KSHV基因组进行了测序，涵盖卡波西肉瘤、原发性渗出性淋巴瘤、KSHV相关大细胞淋巴瘤、多中心Castleman病和KSHV炎症细胞因子综合征等疾病。数据可用于分析KSHV不同K1亚型（A、B、C、E、F）的近全长基因组序列，探索病毒重组与混合感染特征（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2024-07-15。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：最近发表的来自喀麦隆卡波西肉瘤病例对照研究的近全长KSHV基因组显示出病毒重组和混合感染的强有力证据，但未发现与疾病相关的序列变异。采用相同方法，对来自76名患有KSHV相关疾病的个体的另外102个KSHV基因组进行了测序。诊断涵盖所有KSHV相关疾病（KAD）：卡波西肉瘤（KS）、原发性渗出性淋巴瘤（PEL）、KSHV相关大细胞淋巴瘤（KSHV-LCL）、一种多中心Castleman病（KSHV-MCD）以及KSHV炎症细胞因子综合征（KICS）。参与者来自22个不同国家，为获得多种KSHV基因组近全长序列提供了机会。这些包括KSHV K1亚型A、B、C和F以及亚型E的基因组近全长序列，而亚型E此前没有全长序列。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 9.73 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.ppat.1012338.t002。
【主题与分类】
源站学科分类：Microbiology、Genetics、Biotechnology、Evolutionary Biology、Ecology、Biological Sciences not elsewhere classified。主题标签：uracil dna glycosylase、leucine loop extension、kaposi &# 8217、functional consequences warranting、different biological compartments、22 different countries、multiple kshv variants、kshv k1 subtypes、include near full、date among individuals。本站分类：感染性疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Microbiology、Genetics、Biotechnology、Evolutionary Biology、Ecology、Biological Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Characteristics_of_Mixed_Infections_/26307244
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Marshall, Vickie A.; Castro, Elena M. Cornejo; Goodman, Charles A.; Labo, Nazzarena; Liu, Isabella; Fisher, Nicholas C.; et al. (2024). Characteristics of Mixed Infections.. PLOS Pathogens. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-07-25，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Characteristics of Mixed Infections.
- DOI：10.1371/journal.ppat.1012338.t002
- 发布日期：2024-07-15
- 文件数：1 个
- 文件总体积：9.73 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Characteristics_of_Mixed_Infections_/26307244
命令行下载
curl -L -o "Table 2.xls" "https://ndownloader.figshare.com/files/47698375"
文件清单
Table 2.xls（9.73 KB）
文件总体积 9.73 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
近期发表的来自喀麦隆卡波西肉瘤病例对照研究的近全长KSHV基因组显示出病毒重组和混合感染的强有力证据，但未发现与疾病相关的序列变异。采用相同方法，对来自76名KSHV相关疾病患者的另外102个KSHV基因组进行了测序。诊断涵盖所有KSHV相关疾病（KAD）：卡波西肉瘤（KS）、原发性渗出性淋巴瘤（PEL）、KSHV相关大细胞淋巴瘤（KSHV-LCL）、一种多中心Castleman病（KSHV-MCD）以及KSHV炎性细胞因子综合征（KICS）。参与者来自22个不同国家，为获得多种多样KSHV基因组的新的近全长序列提供了机会。这些包括KSHV K1亚型A、B、C和F以及亚型E基因组的近全长序列，而此前尚无亚型E的全序列可用。观察到高水平重组。14名个体（18%）显示出感染多种KSHV变异体的证据（从两个到四个独特基因组）。
从同一受试者的PBMC、组织活检、口腔液体和积液等多个采样部位获得的26组序列比较显示，不同生物区室间的基因组几乎完全保守。在编码区和非编码区均鉴定出多态性，包括K3和K15基因中的插入缺失以及本文首次报道的序列倒位。其中KSHV ORF46的一个多态性为KSHV K1亚型E2所特有，该多态性编码尿嘧啶DNA糖基化酶亮氨酸环延伸区的一个突变，导致该蛋白生化功能发生改变。这证实KSHV序列变异可产生功能性后果，值得进一步研究。本研究是迄今为止在KAD个体中开展的规模最大、多样性最高的KSHV基因组序列分析，为全球KSHV基因组学提供了重要的新信息。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.ppat.1012338.t002（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Characteristics_of_Mixed_Infections_/26307244）。
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