基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-23

资源简介

RhCMV/SIV载体疫苗挑战前后样本转录组分析

PRJNA1312102 是一个来自 NCBI 的转录组数据集，全称为“Transcriptomic Analysis on Pre- and Post-Challenge Samples from RhCMV/SIV Vector Vaccine”。该数据集围绕恒河猴模型系统，比较了经口服或皮下途径接种 68-1 RhCMV/SIV 载体疫苗的样本，以及未接种疫苗样本在受到 SIVmac239 挑战之后的转录组表现。数据集收录的是原始序列读段（Raw sequence reads），属于感染与艾滋病毒/艾滋病研究方向，可用于了解疫苗接种与病毒挑战前后宿主转录组的变化。整体而言，该数据集为研究 RhCMV/SIV 载体疫苗的免疫应答及 SIV 挑战后的转录特征提供了原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集关注的是艾滋病相关的疫苗研究。源站描述指出，其比较了 68-1 RhCMV/SIV 载体疫苗以口服或皮下两种途径接种的效果，研究在恒河猴模型系统中进行，并同时纳入未接种疫苗的样本，在 SIVmac239 挑战之后进行观察。数据集名称中的“Pre- and Post-Challenge”表明样本覆盖挑战前与挑战后两个时间维度，从而支持对疫苗接种及病毒挑战前后转录组变化的分析。该数据集归入感染 / 艾滋病毒/艾滋病分类，主题标签为原始序列读段。

【数据内容】

数据集的内容为转录组原始序列读段。其样本涉及两类接种途径（口服与皮下）的 68-1 RhCMV/SIV 载体疫苗接种组，以及未接种疫苗的对照组，并覆盖 SIVmac239 挑战前后的样本。源站描述未提供样本数量、测序平台、读段长度、数据量等具体技术细节。数据以原始序列读段形式组织，适合后续进行转录组层面的读取、比对与表达分析。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述说明其使用恒河猴模型系统开展，涉及 68-1 RhCMV/SIV 载体疫苗的口服或皮下接种，以及未接种样本在 SIVmac239 挑战后的观察。关于样本采集的具体时间点、组织类型、动物个体信息及伦理审批等内容，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于艾滋病疫苗研究中的转录组分析场景，例如比较不同接种途径（口服与皮下）的 68-1 RhCMV/SIV 载体疫苗所引发的宿主转录组差异，分析未接种疫苗样本在 SIVmac239 挑战前后的转录组变化，以及将挑战前与挑战后的样本进行对照研究。其原始序列读段形式也适合作为转录组数据处理流程的输入，用于读段质控、比对和表达定量等下游分析。具体应用方向需结合源站描述所界定的研究范围。

【使用方法】

使用者可依据原始序列读段开展转录组分析，包括读段质量控制、参考基因组比对、转录本或基因表达定量，以及在不同接种途径组和未接种组之间、挑战前后样本之间进行比较。由于源站未提供样本编号与分组对应关系、测序平台和数据处理参数等细节，实际分析前需自行核实样本元数据与分组信息。源站未提供推荐的分析流程或软件参数。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，未提供预处理后的表达矩阵或质控报告，源站也未提供测序深度、读段质量、批次信息及样本量等质量相关指标。数据集基于恒河猴模型系统，其结果向其他物种或人群的外推需谨慎。源站描述未提及数据的完整性与潜在偏差，相关质量评估需在使用时自行开展。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，并建议查阅数据集页面获取最新的引用与许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1312102

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1312102

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This dataset compares 68-1 RhCMV/SIV vector vaccine given either orally or subcutaneously using the rhesus macaque model system, and unvaccinated samples after challenge with SIVmac239.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别