集合几何持续性：HIV-1 Env 糖基位点几何与稀疏结构上下文不确定性评估（可复现性存档）

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23576520

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数据集大小约 5.0 MB。

数据说明

本档案提供了计算方法、结构坐标文件、源数据、模型输出和可重复性文档，用以支持对HIV-1包膜（Env）聚糖位点几何持久性与预测不确定性的探索性研究。该研究考察局部序列差异和稀疏的结构背景观测是否能够改进对不可靠聚糖位点几何预测的识别。该方法将序列信息驱动的误差估计与从六个观测到的聚糖位点探针获得的残差信息相结合。留出评估包括五个BG505衍生的Env结构和两个JR-FL结构。在原始实验中，六探针方法相对于仅序列预测改善了汇总的危险误差判别能力，BG505中ROC AUC从0.704提高到0.945，JR-FL中从0.522提高到0.761。这些结果是探索性的。原始评估中BG505仅包含两个危险的低估，JR-FL中包含三个。结构内判别并未一致改善，并且发现了训练-测试构造重叠。

额外的构建体家族排除分析记录了研究结果对训练组成和失败流行率的敏感性。主要计算输出已使用提供的脚本从存档的结构坐标中精确重新生成。该存档包括冻结的方案、结构数据、预测表、来源审计、家族排除分析以及一份配套手稿草稿。该研究支持进一步探索稀疏结构上下文用于不确定性评估，但并未建立可靠的跨毒株位点级失败检测、聚糖占据预测或蛋白质合成预测。本存档旨在支持透明度、独立复现、方法学评估以及HIV-1 Env结构生物信息学研究的未来扩展。本研究扩展了作者先前的

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。