HCV冷沉淀物iTRAQ定量LC-MS/MS数据集

主题标签:丙型肝炎、HCV、冷沉淀物、LC-MS/MS、iTRAQ定量、蛋白质组学。本站分类:感染/丙型肝炎。本数据集为感染领域公开数据集,主题涵盖丙型肝炎。

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蛋白质丙型肝炎HCV冷沉淀物LC-MS/MSiTRAQ定量蛋白质组学
HCV Cryoprecipitate LC-MS/MS with iTRAQ Quantification

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

HCV冷沉淀物iTRAQ定量LC-MS/MS数据集

HCV Cryoprecipitate LC-MS/MS with iTRAQ Quantification 是一个聚焦丙型肝炎的蛋白质组学公开数据集,主题涵盖丙型肝炎、HCV、冷沉淀物、LC-MS/MS、iTRAQ 定量与蛋白质组学等方向,在分类上归属于感染 / 丙型肝炎领域。该数据集由 Masato Ogishi 提交,通过 EBI(ebi.ac.uk)平台对外发布,源站以 PRIDE 归档项目的形式提供访问入口。从名称与主题标签可以看出,该数据集围绕 HCV 相关冷沉淀物样本,采用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)结合 iTRAQ 定量策略开展蛋白质组学分析,属于感染性疾病研究领域中面向蛋白质层面的公开数据资源,可供相关研究者检索与参考。

【数据集背景】

丙型肝炎由丙型肝炎病毒(HCV)感染引起,是感染性疾病研究中的重要方向之一。在蛋白质组学层面研究 HCV 感染相关样本,有助于从蛋白质表达与丰度变化的角度理解宿主与病毒之间的相互作用。该数据集正是在这一背景下产生,其主题标签明确指向丙型肝炎、HCV 与冷沉淀物,并采用 LC-MS/MS 与 iTRAQ 定量相结合的质谱分析路线,属于感染 / 丙型肝炎分类下的公开数据集。关于该研究的具体立项背景、科学假设与研究目标,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题涵盖丙型肝炎、HCV、冷沉淀物、LC-MS/MS、iTRAQ 定量与蛋白质组学。从名称与标签可以确定,其数据内容与基于 iTRAQ 定量的 LC-MS/MS 蛋白质组学实验相关,样本类型涉及冷沉淀物。数据集归属于感染 / 丙型肝炎分类。关于数据集包含的具体样本数量、质谱原始文件数目、鉴定到的蛋白质或肽段数量、定量结果表格构成等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,源站描述中给出的引用信息为 Masato Ogishi 的 “HCV Cryoprecipitate LC-MS/MS with iTRAQ Quantification”,并提供了 PRIDE 归档项目链接 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002475。由此可知,该数据集通过 EBI 的 PRIDE 项目对外发布,提交者为 Masato Ogishi。关于样本采集的具体流程、实验地点、仪器型号、试剂与色谱质谱参数等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与分类,该数据集适用于感染领域特别是丙型肝炎方向的蛋白质组学研究参考,可用于围绕 HCV 相关冷沉淀物样本的 LC-MS/MS 与 iTRAQ 定量分析开展方法学借鉴、结果对照或二次分析等用途。其蛋白质组学属性也使其可服务于蛋白质鉴定与定量相关的研究场景。关于该数据集在具体研究中的既定应用案例或验证结论,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 EBI 的 PRIDE 归档项目页面(https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002475)对外提供访问。使用者可依据该入口检索与获取数据集。关于数据文件的具体格式、下载方式、预处理步骤、分析软件与参数设置等操作层面的说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开数据集,来源为 ebi.ac.uk 的 PRIDE 归档项目。关于数据质量评估指标、缺失值情况、定量准确性验证、样本代表性以及使用时的注意事项等,源站未提供。

【引用与许可】

引用该数据集时,可参考源站给出的描述信息:Masato Ogishi, HCV Cryoprecipitate LC-MS/MS with iTRAQ Quantification [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002475。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002475

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Masato Ogishi, HCV Cryoprecipitate LC-MS/MS with iTRAQ Quantification [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002475

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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