鼠伤寒沙门氏菌中人类靶向药物调控固有抗生素耐药与毒力的规模化筛选数据集

资源简介

鼠伤寒沙门氏菌中人类靶向药物调控固有抗生素耐药与毒力的规模化筛选数据集

本数据集围绕鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella Typhimurium）中固有抗生素耐药性与毒力的调控机制展开，聚焦于人类靶向药物对该病原体相关蛋白的影响。数据集收录了多组分子动力学模拟轨迹，涉及SlyA与RamR等关键调控蛋白，以及多种小分子配体（如Rosiglitazone、Dantrolene）在不同质子化状态下的模拟体系。数据由作者Thales Kronenberger贡献，发布于Zenodo平台，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可，发布时间为2025年。整体而言，该数据集为研究沙门氏菌耐药与毒力调控的分子基础提供了模拟层面的结构动力学信息，适用于感染与胃肠道感染领域的机制探索。

【数据集背景】

鼠伤寒沙门氏菌是一种重要的食源性病原体，其固有抗生素耐药性和毒力调控机制是感染生物学与抗感染药物研发的关注重点。人类靶向药物是否可能通过作用于细菌调控蛋白而影响其耐药或毒力表型，是一个具有转化意义的研究方向。本数据集正是在这一背景下产生，通过大规模筛选与分子动力学模拟，考察人类靶向药物与沙门氏菌关键调控蛋白之间的相互作用。数据集主题标签涵盖感染、胃肠道感染、鼠伤寒沙门氏菌、抗生素耐药、毒力、分子动力学模拟、SlyA与RamR，体现了其研究焦点。

【数据内容】

数据集包含多个分子动力学模拟体系，命名与体系信息如下：10x300ns1504为SlyA Salty基于3DEU结构、无DNA、添加SAL的模拟；1505为SlyA Salty基于3Q5F结构、含DNA的模拟；1506为SlyA Salty基于3Q5F结构、无DNA的模拟；1507为RAMR_3VVX_apo；1508为RAMR_3VVY_etBR；1509为RAMR_6IE9_CDCA，采用5x300ns模拟；1510至1513为SlyA Salty基于3DEU结构、无DNA、添加Rosiglitazone（lp4_E23）的体系，分别涵盖中性P1、中性P2、带电P1、带电P2四种状态；1514与1515为SlyA Salty基于3DEU结构、无DNA、添加Dantrolene（lp1_O22）的体系，分别为中性P1与带电P1状态。上述体系涉及OPLS4力场与Maestro2024v3软件，部分体系标注了原子数与模拟速度（如70k atoms - 450ns/day）。

【采集与来源】

数据来源站为doi.org，发布机构为Zenodo。作者为Thales Kronenberger。发布时间为2025年。源站描述中列出了各模拟体系的命名与参数信息，包括模拟时长、结构基础、配体类型及质子化状态等。数据集分类归属于感染/胃肠道感染。

【适用场景】

该数据集适用于研究鼠伤寒沙门氏菌中SlyA与RamR蛋白的结构动力学行为，以及人类靶向药物（如Rosiglitazone、Dantrolene）与这些蛋白相互作用的模拟分析。可用于抗生素耐药与毒力调控机制的探索、分子对接与动力学模拟的验证、以及药物重定位研究中的细菌靶点评估。主题标签中的感染与胃肠道感染分类表明其可服务于相关感染性疾病的机制研究。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。用户可依据模拟体系命名与参数信息，结合分子动力学分析工具对轨迹进行后续处理。源站描述中提及的力场与软件版本可作为重现或扩展模拟的参考。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量与限制的明确说明。数据集为分子动力学模拟轨迹，其适用范围受模拟时长、力场选择与体系构建方式的影响。源站描述中部分体系标注了模拟规模与速度，但未提供验证或基准信息。

【引用与许可】

许可方式为Creative Commons Attribution 4.0 International。作者为Thales Kronenberger，发布机构为Zenodo，发布时间为2025年。引用时需遵循该许可协议的要求。