白色念珠菌Cap1p调控子鉴定（Cap1-CSE-HA与Cap1-HA完整数据集）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-15104

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Cap1p是碱性区域-亮氨酸拉链家族的转录因子，调控白色念珠菌的氧化应激反应(OSR)。其C端富含半胱氨酸结构域(CRD)的改变导致Cap1p核滞留和转录激活。为进一步了解Cap1p在白色念珠菌中的功能，我们采用全基因组定位分析(ChIP-on-chip)来鉴定其体内转录靶标。在野生型Cap1p(Cap1p-HA3)或具有改变CRD的高度活跃Cap1p(Cap1p-CSE-HA3)的C端引入三重血凝素表位。利用全基因组寡核苷酸拼接微阵列进行的定位分析，识别出89个由Cap1p-HA3或Cap1p-CSE-HA3结合的靶标(结合比率≥2倍，P≤0.01)。引人注目的是，Cap1p的结合不仅在其靶基因的启动子区域被检测到，还在其3’端及开放阅读框内被发现，提示Cap1p可能通过与转录或染色质重塑机制相关联来发挥其活性。

Cap1p靶点的过度代表性功能组（P ≤ 0.02）包括参与OSR的11个基因（CAP1、GLR1、TRX1、SOD1、CAT1等），参与药物应答的13个基因（PDR16、MDR1、FLU1、YCF1、FCR1等），参与磷脂转运的4个基因（PDR16、GIT1、RTA2、orf19.932）以及参与氮利用调控的3个基因（GST3、orf19.2693、orf19.3121），这表明Cap1p除OSR外还具有其他细胞功能。对结合序列的生物信息学分析表明，Cap1p识别DNA基序5’- MTKASTMA。最后，转录组分析显示，表达增加通常伴随Cap1p在其靶点上的结合，表明Cap1p作为转录激活因子发挥作用。对每个Cap1数据集的3个独立重复样本的原始数据处理是使用Tilescope（http://tilescope.gersteinlab.org:8080/mosaic/pipeline.html）进行的。对数据应用了分位数归一化。参数

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。