Eltrombopag处理的新型隐球菌H99 RNA测序数据集

数据为经eltrombopag处理的新型隐球菌H99的基因表达谱,基于高通量测序进行表达谱分析,涉及平台GPL21548

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基因组分类GPL21548235443
GSE115570: RNA sequencing of Cryptococcus neoformans H99 treated with eltrombopag

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-30

资源简介

Eltrombopag处理的新型隐球菌H99 RNA测序数据集

GSE115570 数据集收录了经 eltrombopag 处理的新型隐球菌 H99 菌株的 RNA 测序数据,用于刻画药物处理后的基因表达变化。该数据集由 Hao-Tai、Ko 提交,来源为 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),在本地分类中归入感染 / 真菌感染方向。数据集以高通量测序开展表达谱分析,涉及平台 GPL21548,主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21548 与 235443。整套数据以单个压缩文件形式提供,文件名为 GSE115570_series_matrix.txt.gz,适合关注隐球菌药物应答与转录组变化的研究者下载使用。

【数据集背景】

新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)是一种重要的致病真菌,H99 是其研究中常用的菌株之一。源站标题与描述表明,该数据集关注的是 H99 在 eltrombopag 处理条件下的基因表达情况,即通过转录组层面的测量来反映药物暴露后真菌细胞的表达谱变化。数据集被归入感染 / 真菌感染分类,说明其应用语境与真菌感染相关研究相连。源站未提供关于 eltrombopag 作用机制、实验动机或具体研究假设的进一步说明。

【数据内容】

数据集的核心内容是经 eltrombopag 处理的新型隐球菌 H99 的基因表达谱,采用高通量测序进行表达谱分析(Expression profiling by high throughput sequencing)。数据以表达谱矩阵文件的形式组织,文件样例为 GSE115570_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩包格式。主题标签中列出的 GPL21548 为涉及的分析平台编号,235443 为另一关联标识。源站未提供样本数量、分组设计、测序深度、基因数量或差异表达结果等具体细节。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题为“RNA sequencing of Cryptococcus neoformans H99 treated with eltrombopag”,源站描述为“The gene expression of C. neoformans H99 treated with eltrombopag”。提交者为 Hao-Tai、Ko,发布时间标注为 Jun 11 201。数据集在本地分类中属于感染 / 真菌感染。除上述信息外,源站未提供采样地点、培养条件、处理浓度与时长、测序仪器型号等采集层面的详细说明。

【适用场景】

该数据集可用于研究新型隐球菌在 eltrombopag 处理下的转录组响应,例如作为真菌药物应答表达谱分析的参考数据,或用于与其它隐球菌表达谱数据进行比较性探索。由于其归类于感染 / 真菌感染,也可服务于真菌感染相关的基础研究场景。源站未提供该数据集在具体研究中的预期用途或已验证的应用结论。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE115570_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。源站未提供具体的分析流程、标准化方法或推荐软件。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,即以系列矩阵形式汇总的表达谱数据,未提供原始测序读段文件或其他辅助文件的说明。源站未提供质量控制指标、重复数、批次信息或数据完整性评估,因此使用前应自行核查数据内容与适用范围。发布时间标注为“Jun 11 201”,年份信息不完整,源站未提供更明确的日期说明。

【引用与许可】

数据集作者为 Hao-Tai、Ko,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供引用格式、许可条款或使用限制的具体说明,使用与再分发前应向源站核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE115570

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

The gene expression of C. neoformans H99 treated with eltrombopag

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