荷兰曲霉全基因组测序数据集

该数据集为荷兰来源的 Aspergillus fumigatus 全基因组测序数据,主题标签为 Genomics,本站归类于感染 / 真菌感染

omicsdi
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基因组分类Genomics
Dutch Aspergillus fumigatus whole genome sequencing dataset

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

荷兰曲霉全基因组测序数据集

Dutch Aspergillus fumigatus whole genome sequencing dataset 是一个以荷兰为来源地的烟曲霉(Aspergillus fumigatus)全基因组测序数据集,主题标签为 Genomics,在感染 / 真菌感染分类下收录。该数据集与一项关于多重杀真菌剂抗性烟曲霉克隆扩散的研究相关联,源站描述指出“广泛分散的多重杀真菌剂抗性烟曲霉克隆扩张限制了基因组流行病学的前景”。从整体上看,该数据集属于真菌感染领域的基因组学资源,可用于了解荷兰地区烟曲霉的基因组测序信息,并为相关感染与耐药性研究提供数据基础。

【数据集背景】

烟曲霉是一种在环境中广泛存在的真菌,也是引起侵袭性曲霉病等感染的重要病原体。随着抗真菌药物和农业杀真菌剂的广泛使用,烟曲霉对多种药物的抗性受到关注。该数据集所关联的源站描述提到“广泛分散的多重杀真菌剂抗性烟曲霉克隆扩张限制了基因组流行病学的前景”,说明其背景与多重杀真菌剂抗性菌株的克隆扩散及其对基因组流行病学研究的影响有关。数据集本身为荷兰来源的烟曲霉全基因组测序数据,主题标签为 Genomics,本站将其归类于感染 / 真菌感染。关于该背景的更多细节,源站未提供。

【数据内容】

该数据集为 Aspergillus fumigatus 的全基因组测序数据,英文名称为 Dutch Aspergillus fumigatus whole genome sequencing dataset。其主题标签为 Genomics,表明数据内容围绕基因组学展开。数据集来源地为荷兰,属于感染 / 真菌感染这一分类。关于测序样本数量、测序深度、基因组组装质量、变异位点、抗性相关基因等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 omics.org 的 omicsdi.org 来源站,英文名称为 Dutch Aspergillus fumigatus whole genome sequencing dataset,来源地为荷兰。源站描述为“Widely dispersed clonal expansion of multi-fungicide-resistant Aspergillus fumigatus limits genomic epidemiology prospects”。除上述来源信息外,关于样本采集时间、采集地点、采集方法、测序平台、建库策略等具体采集与来源细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签 Genomics 以及感染 / 真菌感染的分类,该数据集可应用于真菌基因组学、烟曲霉感染、抗真菌剂或杀真菌剂抗性、基因组流行病学等相关研究方向。由于源站描述提及多重杀真菌剂抗性烟曲霉克隆扩张对基因组流行病学前景的限制,该数据集也可能用于探讨克隆扩散与耐药性传播的分析场景。关于该数据集具体的适用分析类型、推荐工具或研究问题,源站未提供。

【使用方法】

关于该数据集的下载方式、文件格式、数据组织方式、预处理步骤、分析流程或配套工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集关联的源站描述指出,广泛分散的多重杀真菌剂抗性烟曲霉克隆扩张限制了基因组流行病学的前景,这提示在利用该数据集开展基因组流行病学研究时可能存在相应限制。除此之外,关于数据质量、覆盖度、完整性、批次效应、样本代表性等具体质量指标与限制条件,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/project/PRJEB73793

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Widely dispersed clonal expansion of multi-fungicide-resistant Aspergillus fumigatus limits genomic epidemiology prospects

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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