艰难梭菌clostridithiol基因在大肠杆菌中的异源表达

本数据集来自 omicsdi.org,主题为蛋白质组学,属于感染 / 艰难梭菌感染分类。其内容涉及将来源于艰难梭菌野生型 630 的一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因,在 E. coli BL21(DE3) 液体培养物中进行异源表达,并在改良最小培养基中生长,以检测 clos

omicsdi
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基因组Proteomics
Heterologous expression of clostridithiol genes from Clostridioides difficile in Escherichia coli

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

艰难梭菌clostridithiol基因在大肠杆菌中的异源表达

本数据集围绕艰难梭菌来源的 clostridithiol 生物合成相关基因的异源表达展开,主题归属于蛋白质组学,并置于感染 / 艰难梭菌感染这一分类之下。数据集英文名称为 Heterologous expression of clostridithiol genes from Clostridioides difficile in Escherichia coli,来源站为 omicsdi.org。其核心工作是将来源于艰难梭菌野生型 630 的一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因导入大肠杆菌 BL21(DE3) 中进行异源表达,并在改良最小培养基的液体培养体系中检测 clostridithiols 的产生情况。该数据集为研究艰难梭菌相关次级代谢产物、基因功能验证以及异源表达策略提供了蛋白质组学层面的数据资源,适用于关注艰难梭菌感染机制与代谢产物检测的研究人员参考使用。

【数据集背景】

艰难梭菌是一种与感染性疾病密切相关的病原体,其感染在临床和公共卫生领域受到持续关注。clostridithiol 作为推定的生物合成产物,其相关基因的功能和表达情况尚需通过实验手段加以验证。本数据集正是基于这一背景,选取艰难梭菌野生型 630 中一个或两个推定的 clostridithiol 生物合成基因,将其置于大肠杆菌 BL21(DE3) 中进行异源表达。通过异源表达策略,可以在较易操作的宿主系统中研究来源于艰难梭菌的基因功能,并检测相应代谢产物是否生成。该工作属于感染 / 艰难梭菌感染分类下的蛋白质组学研究,主题标签为 Proteomics,体现了从基因表达到产物检测的研究路径。

【数据内容】

数据集的内容涉及在液体培养条件下对异源表达产物进行检测。具体而言,实验使用大肠杆菌 BL21(DE3) 作为表达宿主,在改良最小培养基中生长,并分别表达一个或两个推定的 clostridithiol 生物合成基因。检测目标为 clostridithiols,即来源于艰难梭菌野生型 630 的相关生物合成基因在异源宿主中可能产生的化合物。数据集主题为蛋白质组学,表明其数据内容与蛋白质或代谢相关检测有关。关于数据的具体组成、文件格式、样本数量、检测峰列表或定量结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

本数据集的来源站为 omicsdi.org。根据源站描述,实验体系为大肠杆菌 BL21(DE3) 液体培养物,培养基为改良最小培养基,表达基因为来源于艰难梭菌野生型 630 的一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因。检测对象为异源表达后培养物中的 clostridithiols。关于样本采集时间、培养条件的具体参数、检测仪器型号、色谱与质谱条件、数据采集软件等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于艰难梭菌感染相关研究中的基因功能验证与代谢产物检测场景。研究人员可将其用于了解异源表达策略在 clostridithiol 生物合成基因研究中的应用方式,也可作为蛋白质组学层面分析艰难梭菌来源基因在异源宿主中表达效果的参考。对于关注艰难梭菌次级代谢产物、生物合成基因簇以及感染相关代谢机制的研究者,该数据集提供了来自 omicsdi.org 的蛋白质组学数据资源。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或流行病学调查等具体应用,源站未提供。

【使用方法】

数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取。使用时可结合其主题标签 Proteomics 以及感染 / 艰难梭菌感染分类进行检索与定位。由于数据集涉及异源表达实验,使用者在分析时应关注表达宿主为大肠杆菌 BL21(DE3)、培养基为改良最小培养基、表达基因为一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因等关键实验设定。关于数据下载格式、分析流程、软件工具、参数设置等具体使用方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于异源表达体系,实验宿主为大肠杆菌 BL21(DE3),表达基因来源于艰难梭菌野生型 630。由于是异源表达,其产物检测结果可能受到宿主背景、培养基成分以及表达条件的影响。数据集主题为蛋白质组学,但关于数据质量评估指标、重复次数、统计分析方法、检测灵敏度与特异性等信息,源站未提供。此外,该数据集是否涵盖全部推定基因组合、是否包含阴性对照或野生型对照,源站未提供。使用者应结合自身研究目的谨慎解读。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、作者信息、发表文献、数据许可协议以及使用条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应直接访问来源站 omicsdi.org 查询相关说明。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000098169

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Detection of clostridithiols from heterologous expression of one or both putative genes for clostridithiol biosynthesis (originating from Clostridioides difficile wild-type 630) in liquid cultures of E. coli BL21(DE3) grown in modified minimal medium

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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