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创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

Clostridioides difficile 中 clostridithiol 化合物的化学表征

本数据集围绕艰难梭菌（Clostridioides difficile）培养体系中一类被称为 clostridithiol 的化合物展开化学表征研究。研究通过在改良最小培养基中补充含碳-13或氘标记的多胺及相关前体，实现对目标化合物的稳定同位素标记，并针对化合物 1 至 8 采集串联质谱（MS/MS）数据，碰撞能量设定为 30 eV。数据集同时收录了纯化合成标准品的质谱数据文件，供比对使用。该数据集归属于感染 / 艰难梭菌感染方向，主题标签为蛋白质组学，来源站为 omicsdi.org，可为艰难梭菌代谢产物及含硫化合物相关研究提供质谱层面的参考信息。

【数据集背景】

艰难梭菌是一种与感染性疾病密切相关的病原体，其代谢产物研究有助于理解该菌在宿主环境中的生理行为与致病机制。clostridithiol 类化合物作为该菌产生的含硫化合物，其化学结构及生成途径的表征需要借助稳定同位素标记与质谱分析手段。本数据集正是在这一研究背景下产生，通过在液体培养体系中引入标记前体，追踪目标化合物在代谢过程中的标记情况，从而支持对其化学特征的解析。数据集所属分类为感染 / 艰难梭菌感染，主题标签为蛋白质组学，来源站为 omicsdi.org。

【数据内容】

数据集的核心内容为艰难梭菌液体培养物中 clostridithiol 化合物 1 至 8 的稳定同位素标记质谱数据。标记策略是在改良最小培养基中补充含碳-13或氘标记的多胺及相关前体，使目标化合物在代谢过程中掺入稳定同位素标签。针对这些目标化合物，采集了 MS/MS 数据，碰撞能量为 30 eV。此外，数据集还包含纯化合成标准品的质谱数据文件，用于与培养体系中获得的标记化合物数据进行比对。源站描述中未提供各化合物具体名称、分子式、质荷比列表或标记效率等更细颗粒度的信息。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org，研究对象为艰难梭菌液体培养物。培养条件为改良最小培养基，并在其中补充多胺及相关前体，这些前体带有碳-13或氘标记。在完成稳定同位素标记后，对目标化合物进行 MS/MS 采集，碰撞能量统一设定为 30 eV。纯化合成标准品的质谱数据文件同样被纳入数据集，作为对照与比对材料。源站未提供所用质谱仪型号、色谱分离条件、培养温度与时间、取样流程等实验细节。

【适用场景】

该数据集适用于艰难梭菌含硫代谢产物的结构解析与鉴定研究，尤其是需要借助稳定同位素标记判断化合物来源或生成途径的场景。合成标准品质谱数据的加入，使其可用于标记化合物与标准品之间的谱图比对，辅助确认目标化合物身份。此外，该数据集也可为感染 / 艰难梭菌感染方向下代谢组学或蛋白质组学相关研究提供质谱层面的参考。由于主题标签为蛋白质组学，其数据亦可能被用于与该方向相关的交叉分析。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的使用说明。

【使用方法】

使用者可将培养体系中获得的 clostridithiol 化合物 1 至 8 的 MS/MS 数据，与数据集中提供的纯化合成标准品质谱数据文件进行比对，以辅助化合物鉴定与标记特征判断。由于标记前体含有碳-13或氘，分析时可关注质谱图中与同位素掺入相关的信号变化。碰撞能量为 30 eV 这一采集参数，可作为谱图解析时的参考条件。源站未提供具体的数据格式、文件组织方式、软件工具或分析流程说明。

【质量与限制】

数据集提供了稳定同位素标记条件下的 MS/MS 数据以及合成标准品数据，为化合物比对提供了基础。但源站描述中未提供质谱仪型号、色谱条件、标记效率、化合物鉴定置信度、数据重复次数或原始数据质量评估等信息。因此，在使用该数据集时，无法依据现有描述判断其覆盖度与数据质量的完整水平。源站未提供关于数据质量控制流程或潜在偏差的说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000098168

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数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000098168

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Stable isotope labeling of clostridithiol compounds 1-8 in liquid cultures of Clostridioides difficile upon supplementation of polyamines & relevant precursors containing carbon-13/deuterium labels in a modified minimal media. MS/MS of targeted compounds was collected at 30 eV collision energy. Datafiles for purified synthetic standards are also provided for comparison.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别