两种标志物效果更佳:新型血清生物标志物改善自身免疫性肝炎诊断

研究用自建蛋白质微阵列检测 15 例自身免疫性肝炎患者与 78 名健康供者的血清,针对 1626 种蛋白质,并采用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)区分疾病与对照,识别出 AHPA9419 与 Chondroadherin precursor(CHAD)等候选标志物

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2023-05-31 更新
浏览 12
蛋白质分类combinationstudy 15 seradelfiasensitivityhdcandidatesquares discriminant analysischadproteins AHPA 9419UNQautoantigenAIH patients
Two of Them Do It Better: Novel Serum Biomarkers Improve Autoimmune Hepatitis Diagnosis

基本信息

模态
蛋白质
大小
0.0027046 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-05-31
版本
v1

资源简介

两种标志物效果更佳:新型血清生物标志物改善自身免疫性肝炎诊断

Two of Them Do It Better: Novel Serum Biomarkers Improve Autoimmune Hepatitis Diagnosis

该数据集来自 plos.figshare.com,配套 2015 年 PLOS ONE 论文,包含 8 个补充文件(图、表、文本)。研究用自建蛋白质微阵列检测 15 例自身免疫性肝炎患者与 78 名健康供者的血清,针对 1626 种蛋白质,并采用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)区分疾病与对照,识别出 AHPA9419 与 Chondroadherin precursor(CHAD)等候选标志物。数据可用于血清生物标志物筛选与 AIH 诊断分类建模(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Two of Them Do It Better: Novel Serum Biomarkers Improve Autoimmune Hepatitis Diagnosis》发表于 PLOS ONE(2015),DOI:10.1371/journal.pone.0137927。源站首次发布:2015-09-16。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景 自身免疫性肝炎(AIH)是一种病因不明的慢性肝病,以持续性的肝细胞炎症和坏死为特征。自身抗体是临床研究中衡量适应性免疫反应的可及标志物。蛋白质微阵列已成为区分疾病状态与对照组的重要工具,尽管尚无公认的结果分析标准。结果 在本研究中,使用内部开发的微阵列对 15 例 AIH 患者和 78 名健康供者(HD)的血清进行了针对 1626 种蛋白质的检测。使用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对所得数据进行解读,鉴定出新的和先前已鉴定的蛋白质。两种新蛋白质 AHPA9419 和 Chondroadherin precursor(分别为 UNQ9419 和 CHAD),以及先前已鉴定的候选物

【数据结构与技术规格】

文件数 8 个,合计 2.70 MB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0137927。

【主题与分类】

源站学科分类:Biological Sciences。主题标签:combination、study 15 sera、delfia、sensitivity、hd、candidate、squares discriminant analysis、chad、proteins AHPA 9419、UNQ。本站分类:免疫系统疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biological Sciences。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Two_of_Them_Do_It_Better_Novel_Serum_Biomarkers_Improve_Autoimmune_Hepatitis_Diagnosis_/1545776

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Mazzara, Saveria; Sinisi, Antonia; Cardaci, Angela; Lorenzo Rossi, Riccardo; Muratori, Luigi; Abrignani, Sergio; et al. (2016). Two of Them Do It Better: Novel Serum Biomarkers Improve Autoimmune Hepatitis Diagnosis. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-05-31,引用时请注意版本时效。

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文件清单

  • S1_Fig.pdf(276.66 KB)
  • S2_Fig.pdf(487.57 KB)
  • S3_Fig.pdf(253.53 KB)
  • S1_Table.pdf(296.78 KB)
  • S2_Table.pdf(404.73 KB)
  • S3_Table.pdf(249.32 KB)
  • S4_Table.pdf(209.91 KB)
  • S1_Text.pdf(526.11 KB)

文件总体积 2.70 MB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
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print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景
自身免疫性肝炎(AIH)是一种病因不明的慢性肝病,以持续性的肝细胞炎症和坏死为特征。自身抗体是临床研究中用于衡量适应性免疫反应的可及性标志物。蛋白质微阵列已成为区分疾病状态与对照组的重要工具,尽管目前尚无公认的结果分析标准。结果
本研究采用自行开发的微阵列,对15例AIH患者血清和78例健康供者(HD)血清进行了针对1626种蛋白质的检测。通过偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对所得数据进行解读,既鉴定出了新的蛋白质,也鉴定出了先前已发现的蛋白质。两种新蛋白质AHPA9419和软骨黏附蛋白前体(分别为UNQ9419和CHAD),以及先前已鉴定的候选标志物,均在验证阶段通过DELFIA测定法在新一批AIH患者队列中得到了确认。采用受试者工作特征分析对候选生物标志物进行了评价。

在AIH中,每种自身抗原的敏感性范围为65%至88%;此外,当分析两种新自身抗原的组合时,敏感性提高至95%。结论我们的研究结果表明,检测针对这两种自身抗原的自身抗体可以提高区分AIH患者与对照类别的性能,并且与先前识别的自身抗原结合使用时,它们可用作诊断/预后标志物。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0137927(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Two_of_Them_Do_It_Better_Novel_Serum_Biomarkers_Improve_Autoimmune_Hepatitis_Diagnosis_/1545776)。

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