人肠道组织感染隐孢子虫的转录组分析揭示骨保护素表达增加

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-7268

标准获取流程：

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数据说明

人隐孢子虫和微小隐孢子虫主要感染肠上皮细胞，而肠上皮细胞在激活宿主免疫系统并与之通讯中发挥关键作用。为确定非转化人上皮细胞早期感染期间哪些基因受到调控，从手术标本中取回人回肠黏膜，置于胶原膜上，作为外植体进行培养。外植体培养物分别感染微小隐孢子虫、人隐孢子虫或对照培养基。24小时后提取RNA，并使用Affymetrix GeneChip微阵列进行分析。表达受调控的基因中较为突出的是骨保护素（OPG），其在24小时时在所有外植体中均升高，且与未感染外植体相比，微小隐孢子虫感染使其进一步上调1.58倍，人隐孢子虫感染使其上调2.54倍。使用实时PCR，我们证实微小隐孢子虫和人隐孢子虫感染后OPG mRNA分别增加3.14倍和3.79倍。实验总体设计：回肠组织取自3名接受肠切除术的个体，这些组织原本会被丢弃。

黏膜经机械去除后，以组织块形式在CMRL-1066培养基中培养，并在离体感染前孵育3小时。每位个体的标本分为4份。一份基线标本直接保存于RNA酶抑制剂中。其余3份标本分别感染10^6个微小隐孢子虫（C. parvum）、人隐孢子虫（C. hominis）卵囊或脱囊液。24小时后，将组织置于RNA酶抑制剂中。随后，使用Qiagen公司的RNAeasy Mini Kit提取RNA，并送至贝勒医学院微阵列中心。样本使用Affymetrix Human Genome U133 2.0芯片分析基因表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。